Согласно статьям Закона 1863 г. предусматривалось изъятие у греческих игуменов всех украшений, книг, священных сосудов и документов на право владения монастырями, многие из которых были закрыты или перешли в юрисдикцию Румынской Церкви, провозгласившей в 1865 г. автокефалию. Таким образом, румынское правительство, подвергнув в 1863 г. секвестру все доходы с этих имений, в 1876 г. заговорило уже о своем праве на владение имениями. Восточные Патриархи во главе с Софронием подали записку Берлинскому конгрессу 1878 г., в которой изложили ситуацию. В 1885 г. Патриарх Софроний сделал через греческого посла при берлинском дворе запрос в коллегию юридического факультета Берлинского университета о правах святых мест в отношении к греческим монастырям, находящимся в Дунайском регионе и конфискованным румынским правительством. Берлинские юристы ответили, что собственником этих имений должны быть восточные Патриархи.
При слабых наследниках Мухаммада Али во второй половине XIX в. Египет быстро потерял экономическую самостоятельность и превратился в полуколонию европейских держав. Строительство дорог, каналов, перерабатывающих предприятий, рост внешней торговли привели к наплыву из-за рубежа огромного количества технических специалистов, торговцев и предпринимателей. Среди иммигрантов было много христиан — греков и сирийцев, заполнивших важные социальные ниши (бизнес, издательское дело, журналистика, образование).
В XIX — начале XX в. представители православных народов играли в экономике и культуре Египта куда более значительную роль, чем в предшествующие столетия. Иностранное засилье, финансовое закабаление страны вызвали рост националистических настроений, кульминацией стало восстание Ораби-паши (1882). Патриарх Софроний и православное духовенство, как и представители других конфессий, покинули Египет. В Каире и Александрии остались только два священника, на долю которых выпали тяжкие испытания во время бесчинств мятежной толпы. Восстание было подавлено после артиллерийского обстрела Александрии английским флотом. В 1882 же г. Египет был оккупирован англичанами и, формально оставаясь до 1914 г. в составе Османской империи, фактически стал британским протекторатом. Только в 1922 г. страна вновь обрела независимость.
Резкие изменения в жизни Египта не могли не наложить свой отпечаток и на положение Александрийского Патриархата. Прежде всего увеличилась православная община, это произошло за счет притока иммигрантов: к началу XX в. она составляла около 100 тыс. человек (63 тыс. греков, остальные — православные арабы сирийского и ливанского происхождения). Численность духовенства увеличивалась медленнее: в начале XX в. под властью Патриарха состояли два митрополита и 50 клириков. По мере роста православного населения строились новые храмы.
