Евгений Данкос провозгласил себя Александрийским Патриархом, но вскоре его низвергли и обратились к Константинопольской Церкви с просьбой дать им нового Патриарха. По ходатайству Иерусалимского Патриарха Кирилла II, на Александрийскую кафедру был избран Иаков II Панкостас (1861–1865), родом с острова Патмос, бывший Кизический митрополит. В целом его патриаршество было неблагополучно. Прибыв в Египет, он встретил здесь недовольство со стороны приверженцев Евгения Ксиропотамского и раздоры в среде местных кинотов. Летом 1865 г. он отправился в Константинополь по делам престола и, возвращаясь домой, заехал на остров Патмос, где внезапно скончался 30 декабря того же года.
4 января 1866 г. в Каире состоялось собрание с участием двух архиереев Александрийского престола, 27 клириков и 17 представителей греческих общин, принявшее 12 статей Положения об устройстве Александрийского Патриархата и синодальном управлении. Церковь управлялась Патриархом и 4 членами Синода, между которыми распределялись 5 частей составной печати Патриархата. В случае вдовства какой-либо кафедры ее общины избирали кандидата в епископы, а Патриарх утверждал это избрание; любой вопрос, касающийся Александрийского престола, решался общим собранием членов Синода и представителей общин под председательством Патриарха.
На основе Положения Патриархом был избран проведший 17 лет в России первый настоятель Александрийского подворья в Москве митрополит Фиваидский Никанор (1866–1869). Но, будучи уже в преклонных летах, митрополит Никанор почти принужденно и против воли занял патриарший престол, а уже через год удалился в монастырь св. Саввы, где и скончался 25 декабря 1869 г.
В марте 1869 г. Патриархом был избран Нил, митрополит Пентапольский. Но Константинопольский Патриарх Григорий VI потребовал, чтобы он отказался от кафедры, так как его избрание состоялось без согласия Константинопольской Церкви, которой Нил, как монах Есфигменского афонского монастыря, должен был подчиняться. Нил ответил отказом. Его избрание признали законным Патриархи Антиохийский Иерофей и Иерусалимский Кирилл II.
В феврале 1870 г. египетское правительство приказало клиру и мирянам произвести новое избрание Патриарха. В июне 1870 г. Александрийским Патриархом был избран бывший Константинопольский Патриарх Софроний III, живший в то время на покое на о. Принкипо. Он патриаршествовал в Александрии с именем Софрония IV (1870–1899). Заслуги этого Патриарха очень значительны. Прежде всего, он умиротворил Александрийскую Церковь. Авторитет и влияние, которым он пользовался на греческом Востоке, создали ему редкое уважение в народе. Святитель активно заботился о благоустройстве греческих кинотов Египта, о постройке храмов и школ, о просвещении клира, составил новое Положение о церковном управлении из 32 статей и подал его на утверждение египетскому правительству в 1874 г. Этим положением предусматривалось участие в избрании Патриарха представителей всех православных общин Египта, а также легальных профсоюзов Каира и Александрии, врачей, ученых, адвокатов. Правда, это Положение так и не было утверждено. Патриарх Софроний участвовал в Константинопольском соборе по вопросу о болгарской схизме (1872). Активное участие Патриарх Софроний принимал в деле румынских имений греческих монастырей, которые князь Александр Куза конфисковал в пользу нового Румынского государства.
