Преемником Парфения на патриаршем престоле стал его племянник Феофил III (1805–1825), родом с о. Патмос, митрополит Ливийский. Этот Патриарх отличался высокой образованностью и известен своими многочисленными проповедями. Так же, как и его предшественник, Феофил столкнулся прежде всего с материальными трудностями и нищенским положением Александрийской Патриархии. Особенно обострилось экономическое положение с 1821 г., когда в Молдавии и Валахии были отняты принадлежавшие Александрийской Церкви имения. Почувствовав себя больным, Феофил в 1818 г. уехал из Египта на родину и оттуда в течение семи лет управлял Патриархатом, не желая возвращаться, хотя его не раз приглашали правительство и народ. В 1825 г. хедив лишил его патриаршества. Феофил скончался в 1832 г. в монастыре св. Апостола Иоанна Богослова на Патмосе.
Следующим Патриархом был Иерофей I (1825–1845), прежде митрополит Никейский, возведенный на Александрийский престол в Константинополе. За время своего предстоятельства он не раз обращался с письмами к русскому императору Николаю I и Св. Синоду с просьбой оказать помощь Александрийскому престолу, так как вопрос об александрийских монастырях и землях в дунайских княжествах по прежнему оставался нерешенным. В 1834 г., после полувекового перерыва, были восстановлены контакты Александрийского престола с Россией. Император Николай I пожаловал значительную сумму на нужды Египетской Церкви. Патриарх Иерофей I (ок. 1825–1845) построил в Каире новую резиденцию с храмом великомученика Георгия (1839), украшал церкви. Он отреставрировал полуразрушенные патриаршие храмы — св. Николая в Александрии и Пресвятой Богородицы в Каире, восстановил монастыри св. Георгия и св. Саввы, открыл греческо-арабское училище в Каире, восстановил принадлежавшие Патриархии монастыри — Златарь в Бухаресте и св. Илии Ханку в Яссах.
К 1843 г. относится официальная организация греческой общины в Александрии. Многочисленная, активная, процветающая православная община выработала четкую структуру самоуправления, состоявшую из эпитропий — комиссии выборных депутатов. Ее почетными членами стали консулы Греции, Бельгии, Швеции. Община содержала за свой счет школы, больницы, даже часть духовенства, жертвовала значительные суммы Патриархии, но в то же время добивалась контроля над действиями Патриархов по расходованию средств. Подобная ситуация иногда приводила к противоречиям между церковной иерархией и мирянами, стремившимися играть все большую роль в жизни Церкви.
