Одной из проблем этого времени становится усиление католической и протестантской пропаганды в Восточном Средиземноморье. Определенную роль в противодействии ей сыграл уже упоминавшийся Патриарх Кирилл Лукарис (1601–1620). Он некоторое время (с 1612 г.) временно управлял Константинопольской Церковью, но по проискам католиков вынужден был покинуть Константинополь. Но после кончины Вселенского Патриарха Тимофея II (4 ноября 1620 г.) Синод Константинопольской Церкви единогласно избрал «добродетелью и мудростью известного» Кирилла Лукариса, а на Александрийский престол был избран Герасим Спарталиотис (1620–1636).
Летом 1798 г. в Египет вторглась французская армия во главе с Наполеоном Бонапартом, который 2 июля занял Александрию, а через пять дней вступил в Каир. В стране установился оккупационный режим. Несмотря на происламские декларации генералов Бонапарта, мусульманское население относилось к захватчикам настороженно и враждебно. В то же время местные христиане стали надежной опорой новой власти.
В начале XIX в. Александрийскую патриаршую кафедру занимал Парфений I Панкостас (1788–1804), родом с о. Патмоса, бывший протосинкелл Константинопольской Патриархии. Время его патриаршества пришлось на довольно трудную эпоху в жизни египетских христиан.
Во время антифранцузских восстаний в Каире и Дамиетте толпы мусульман громили христианские кварталы, убивая их жителей. После ухода французских войск из Египта османские власти стремились не допустить волны погромов христиан; казни и конфискации имущества христиан, сотрудничавших с французами, не носили массового характера. Однако удержать порядок в стране не удалось, и в 1801–1805 г.г. Египет был охвачен гражданской смутой. Спасаясь от насилия, Патриарх Парфений II в конце 1804 г. вынужден был бежать на Родос, где и скончался в 1805 г.
Победителем в этой междоусобной борьбе оказался албанский военачальник Мухаммад Али (1805–1849). Ему удалось уничтожить главную оппозиционную силу — мамлюков (1811). Он провел масштабные реформы в экономике и военном деле, в результате которых Египет на некоторое время превратился в региональную сверхдержаву.
Религиозная политика Мухаммада Али была сугубо прагматичной. Заботясь о доходах казны и развитии промышленности, паша охотно покровительствовал христианским общинам. В Египет из османских владений устремилось множество греков, которые покупали земельные участки, строили на них больницы, благотворительные заведения и шкоды. Когда после греческого восстания 1821 г. по всей Османской империи прокатились погромы, Мухаммад Али окружил христианские кварталы войсками и не допустил столкновений.
