В целом османы были более веротерпимыми, чем правившие до них мамлюки; в Египте же положение христиан было наиболее благоприятным по сравнению с другими провинциями. Иноверцы часто играли заметную роль в жизни государства.
Но все же жизнь Александрийской Церкви в период турецкого господства мало чем отличалась от предыдущего периода тысячелетнего господства мусульман в Египте. Своей немногочисленной паствой управлял фактически сам Патриарх, при котором иногда был еще один архиерей. Духовенство было малограмотным. Александрийская Церковь имела, один храм в Александрии (в монастыре св. Саввы), один в Рахитии (Розетте), один в Дамиетте и четыре в Каире. Кроме того, было два монастыря — св. Саввы в Александрии и вмч. Георгия в Каире, где размещалась резиденция Патриарха. Посетивший в 1657 г. Египет русский монах Арсений Суханов сообщал, что в Каире постоянно живут 600 православных арабов и греков.
Из-за малочисленности православного населения Александрийская Церковь постоянно находилась в тяжелом финансовом положении и жила только благодаря поддержке других Восточных Патриархов и помощи православных государств, прежде всего России.
Включение Египта в состав Османской империи значительно усилило связи между Александрийским престолом и другими Восточными Патриархатами. Многие Патриархи едва ли не большую часть своего правления проводили за пределами Египта, принимая участие в делах Константинопольской Церкви или собирая милостыню на поддержание своего престола в Дунайских княжествах. С 1517 по 1846 г.г. Александрийские Патриархи имели свою резиденцию в Фанаре (Стамбул).
К эпохе Патриарха Иоакима относятся первые контакты Александрийского Патриархата с Россией. В 1523 г. он направил делегацию в Москву к царю Василию I с просьбой оказать материальную помощь Александрийской Церкви, а в 1556 г. посольство Патриарха и Синайского архиепископа с аналогичными целями отправилось к Ивану IV Грозному; помимо прочего Иоаким ходатайствовал перед царем об освобождении из-под ареста преп. Максима Грека. В обоих случаях помощь была оказана. Грозный передал щедрые денежные пожалования всем Восточным Патриархам через своего посланца Василия Позднякова, который в 1559 г. встречался в Египте с Патриархом Иоакимом и оставил описание состояния Православия на Востоке. В течение полутора столетий после этого Александрийский Патриархат поддерживал достаточно тесные связи с Москвой, получая из России значительные пожертвования.
