По окончании курса боевой подготовки новый корабль зачислили в 1-й дивизион 1-й бригады подлодок КБФ (8 лодок типа С). Он базировался на порт Усть-Двинск, где бросили якоря плавбазы подлодок "Иртыш" и "Смольный".
С мая 1941 года в связи с обострением международной обстановки на Балтийском море некоторые подлодки приступили к несению дозора на подходах к Ирбенскому проливу, в устье Финского залива, у Либавы. Именно у Ирбенского пролива находилась с 19 июня С-7 и там встретила 22 июня 1941 года.
Командовал субмариной один из опытнейших советских подводников – капитан-лейтенант, впоследствии капитан 3 ранга Сергей Прокофьевич Лисин. Он имел боевой опыт командования подводной лодкой еще в 1938 году в период гражданской войны в Испании. Довоенный период деятельности лодки не богат событиями, только однажды весной 1941 года в учебном походе встретили немецкий линкор…
22 июня в 0.55 командир получил указание о переходе на оперативную готовность Номер Один, в 15.45 о переходе на несение дозора по режиму военного времени и только в 20 часов о начале войны с Германией. Такая неторопливость штаба вызывает недоумение. Уже к 15.45 прошло более трех часов с момента, когда на всю страну сообщили о начале войны. Фактически для С-7 война началась лишь к вечеру 22 июня. Правда через сутки она сама заявила о себе.
На исходе 23 июня С-7 заряжала аккумуляторы в районе Овизи, пользуясь сумерками. На расстоянии 7-8 кабельтов показались два торпедных катера, которые дали правильные опознавательные (вероятно они были захвачены на одном из постов СНИС; выдвигавшееся предположение, что документы захвачены на борту подлодки С-3, не соответствует действительности,^ к. эта субмарина погибла 25 июня). Лисин не погружался, так как хотел передать на катера больного краснофлотца. Сблизившись до двух кабельтов катера дали торпедный залп, практически в упор. Только услышанный хлопок торпедных аппаратов да реакция командира позволили срочно погрузиться, уклонившись от торпед. Они прошли в 1-2 метрах от левого борта. Катера сбросили 4 глубинные бомбы. В седьмом отсеке возник пожар, но его быстро потушили. Отлежавшись на грунте до 5 часов утра лодка с трудом всплыла. Ее легкий корпус немцы довольно серьезно продырявили из зенитных пулеметов, к счастью их калибр не мог повредить прочного корпуса. Поднявшись на поверхность, С-7 прибыла в Виндаву, откуда 25 июня перешла в Усть-Двинск. После небольшого ремонта 27 июня С-7 вышла на позицию к Либаве, где и находилась до 20 июля. Несколько раз обнаруживала корабли противника, но атаковать их не удалось. 22 июля субмарина вернулась в базу.
