Торпедоносцы мало отличались от обычных S.79. Экипаж их увеличили на одного человека – морского офицера-наблюдателя; он сидел между радистом и бортмехаником. С 1941 г. моторы стали оснащаться сначала удлиненными выхлопными патрубками, а затем пламегасителями "типа Веллингтон" (в основе лежал трофейный английский пламегаситель с "Веллингтона"). Пламегасители стали ставить и на стволы пулеметов. В 1942 г. двигатели Альфа-Ромео 126 оборудовали системой впрыска этилового спирта, повышавшей на 20 мин. мощность мотора с 780 до 900 л. е., это давало прирост скорости в 50 км/час. Но платой за это стало резкое снижение ресурса моторов, которых и так не хватало.
"Спарвьеро" еще в 1941 г. начали менять на новый торпедоносец S.84, но стоявшие на последнем двигатели Пьяджо P.XI были столь ненадежны, что в 1942 г. части, летавшие на S.84. опять получили S.79. На отдельных машинах вводили частные усовершенствования, несколько улучшавшие летные данные. Например, на одном "Горбуне" удлинили моторамы, что привело к улучшению обтекания самолета и повышению скорости, на другом – опробовали моторы Иэотта-Фраскини "Цета". Фирмы "Савойя", "Пьяджо" и "БА1-Амброзини" предложили свои проекты модернизации устаревшего трехмоторника с заменой смешанной конструкции на цельнометаллическую. Этот шаг позволял существенно облегчить самолет при одновременном увеличении прочности планера. Но военные выбрали паллиативное решение – сохранив старый планер S.79, сменили мотоустановку. Такой вариант назвали S.79 бис.
Опытный экземпляр S.79 бис впервые был показан на аэродроме Фурбара в Риме 28 марта 1943 г. Моторы Альфа-Ромео 126. стоявшие до этого на всех серийных машинах, заменили на Альфа-Ромео 128 RC.18 с винтами-автоматами SIAI 32 без коков. Новый двигатель имел расчетную высоту 1800 м (вместо 3600 – у старого) и поэтому был выгоднее для ниэковысотного торпедоносца. Дополнительная мощность моторов несколько повысила максимальную и крейсерскую скорости самолета. Систему впрыска спирта, разработанную для старых двигателей, сохранили. Альфа-Ромео 128 начали ставить на ремонтируемых S.79 с весны 1943 г. Убрали ненужную торпедоносцу под- фюзеляжную гондолу, а пустующий бомбоотсек заняли бензобаком на 1000 л (предусмотрен был и вариант на 2300 л). В нижнем пулемете торпедоносец тоже не нуждался – а атаку он выходил над самыми верхушками волн. Гондолу на торпедоносцах иногда убирали и раньше. Модернизировали радиооборудование и приборы.
