Впоследствии он так писал об этом: «Судьба продолжала свою злую иронию надо мною, посылая мне слишком поздно все то, о чем я имел право мечтать как человек и гражданин. Она оставила меня почти бесплодным „протестантом“ в течение многих лет против безумной политики правительства, тащившей Россию насильственно к революции; она дала возможность презренным слугам этого правительства, вроде Плеве и Муравьева, обречь меня на бесцветную деятельность, поглотившую мою силу и разбившую во мне энергию и душевный подъем. И теперь, когда я стар, когда у меня больное сердце, когда каждый спор, каждая публичная лекция, каждое сильное впечатление лишают меня сна, вызывают сердечные припадки, сопровождаемые крайним упадком сил, она посылает мне самый боевой пост в борьбе с революцией и реакцией, для которого нужно железное здоровье, стальные нервы, воля, не считающаяся с голосом сердца, и разум, прямолинейно смотрящий вперед и неспособный поддаваться в своем мышлении влиянию образов…»
В январе 1907 года Кони становится членом Государственного совета. В этой должности он пребывал до мая 1917 года. В 1910 году ему был присвоен чин действительного тайного советника. Он был удостоен еще нескольких высоких российских орденов, включая орден Святого Александра Невского (1915 год).
Одновременно с ответственной служебной и преподавательской работой, Анатолий Федорович Кони много и плодотворно трудится на научно-публицистической и литературной ниве. Он выступал в печати с многочисленными статьями и судебными очерками, читал публичные лекции, которые неизменно собирали большую аудиторию. Круг его интересов был очень обширен, а тематика лекций, докладов, статей весьма разнообразна. У него были глубокие познания не только в юриспруденции, но и в вопросах литературы, искусства, медицины. Он читал лекции и писал статьи о писателях и поэтах: И. А. Гончарове, А. А. Апухтине, Ф. М. Достоевском, К. К. Павловой, И. С. Тургеневе, А. Ф. Писемском, А. Н. Островском, Л. Н. Толстом, В. Г. Короленко, артистах: М. Г. Савиной и И. Ф. Горбунове, судебных деятелях: Д. Н. Замятнине, Д. А. Ровинском, И. С. Зарудном, Н. А. Буцковском, Д. Н. Набокове, Г. Н. Мотовилове, В. Д. Спасовиче, А. М. Бобрищев-Пушкине и еще многих других знаменитых современниках. Он заново открыл обществу полузабытого «неисправимого филантропа» доктора Федора Петровича Гааза, главного врача московских тюрем, который всеми силами стремился улучшить жизнь и быт заключенных, за что его прозвали «святым доктором». О нем он сделал блестящий доклад на годовом собрании юридического общества, а затем опубликовал биографический очерк отдельным изданием (1897 год), который до революции выдержал пять изданий.
