В 1888 году Кони выпустил книгу — «Судебные речи (1868–1888)», выдержавшую несколько изданий. В 1896 году вышел другой труд Кони — «За последние годы. Судебные речи (1888–1896)». В 1906 году Кони собрал под одной обложкой свои публичные лекции, речи, статьи, заметки по несудебным вопросам, которые составили книгу «Очерки и воспоминания». В 1912–1913 годах вышли первые два тома его новой книги «На жизненном пути». Два последующих тома были выпущены в свет в 1922–1923 годах в Ревеле и Берлине, а 5 том — в 1929 году в Ленинграде. К 50-летию Судебных уставов им было подготовлено фундаментальное издание: «Отцы и дети судебной реформы»(1914 год).
В апреле 1890 года Советом Харьковского университета А. Ф. Кони присвоена степень доктора уголовного права (по совокупности работ). В январе 1900 года его избрали почетным академиком Академии наук по разряду изящной словесности.
В 1901 году Академия наук наградила его Пушкинской Золотой медалью за критических разбор сочинения Н. Д. Телешова «Повести и рассказы», а затем еще трижды удостаивала его золотых медалей (в 1907, 1909 и 1911 годах) за рецензирование и разбор художественных произведений и активное участие в рассмотрении сочинений, присланных на конкурс.
Анатолий Федорович был избран почетным членом многих юридических, филологических, медицинских, психиатрических и иных обществ. В его архиве, переданном им Пушкинскому дому в 1920 году, хранится 148 документов, удостоверяющих избрание его в различные общества.
А. Ф. Кони знали и ценили многие выдающиеся деятели литературы и искусства, ученые и политические деятели. О многих из них, в частности, о Л. Н. Толстом, А. П. Чехове, П. Д. Боборыкине, А. Ф. Писемском, он оставил интересные воспоминания. Но в круг его друзей входили не только знаменитости. Он общался и поддерживал дружеские связи со многими людьми, представителями всех слоев населения. К нему тянулись разные лица за советом, поддержкой, помощью. В его архиве насчитывается более тысячи визитных карточек лиц, приходивших к нему. Здесь и писатели, и артисты, и чиновники, и общественные деятели.
30 мая 1917 года Анатолий Федорович по указу Временного правительства был назначен первоприсутствующим (председателем) в общем собрании кассационных департаментов Правительствующего сената, где оставался до 25 декабря того же года, (до упразднения этого органа).
Когда постановлением Временного правительства была образована Комиссия по восстановлению основных положений Судебной реформы 1864 года и согласованию их с происшедшей переменой в государственном устройстве, А. Ф. Кони также вошел в ее состав, в числе 60 лучших юристов и общественных деятелей России. Он возглавил одну из трех подкомиссий — по уголовному судопроизводству. На первом же заседании Комиссии, происшедшей 13 апреля 1917 года под председательством министра юстиции А. Ф. Керенского, Анатолий Федорович выступил с сообщением, в котором воспроизвел «полную картину падения судебных уставов».
