Манасеин пояснил, что они будут преданы суду Харьковской судебной палаты. «И будут осуждены?» — спросил император. «Несомненно», — ответил министр. Государь нашел это «неудобным и несправедливым» и сказал, что хочет помиловать всех. Дело было прекращено.
В 1894 году Кони выезжал в Одессу, где руководил следствием по делу о гибели парохода «Владимир», столкнувшегося в ночь на 27 июня недалеко от мыса Тарханкут с итальянским пароходом «Колумбия». В результате катастрофы погибли 76 человек. Суду были преданы капитаны судов: российского К. К. Криун и итальянского — Л. Пеше. Оба признаны виновными в столкновении и осуждены к тюремному заключению на четыре месяца.
В 1895 году кресло министра юстиции занял набиравший силу честолюбивый прокурор Н. В. Муравьев. Свою деятельность он начал с грандиозного пересмотра Судебных уставов 1864 года. Анатолий Федорович, как один из самых опытнейших юристов своего времени, также был привлечен к работе комиссии. Здесь он отчаянно бился со всеми попытками Муравьева покуситься на основные принципы судоустройства и судопроизводства, отстаивал суд присяжных, несменяемость судей и т. п. На этой почве между ним и министром сложились неприязненные отношения. В конце декабря 1896 года Кони вынужден был подать рапорт об увольнении с должности обер-прокурора уголовного кассационного департамента Сената. Просьбу немедленно удовлетворили, а самому Кони велено было присутствовать в том же департаменте сенатором.
В 1900 году Анатолий Федорович окончательно распрощался с судебной деятельностью. Указом императора его перевели в общее собрание первого департамента Сената. Тогда же он снова занялся педагогической деятельностью, заняв кафедру уголовного судопроизводства в Императорском Александровском лицее (до него кафедрой руководил профессор И. Я. Фойницкий).
Летом 1906 года П. А. Столыпин, ставший председателем Совета министров, задумал создать так называемый «кабинет общественных деятелей». Он предложил Анатолию Федоровичу войти в состав его правительства в качестве министра юстиции и генерал-прокурора. Вначале такое предложение поступило к Кони через П. А. Гейдена, а затем и лично от самого Столыпина. Вездесущие журналисты даже поспешили опубликовать в «Биржевых ведомостях» крупными буквами заголовок: «А. Ф. Кони — министр юстиции». Однако Анатолий Федорович, после тщательного обдумывания ситуации, категорически отказался стать министром юстиции.
