Спустя месяц после начала следствия Манасеин вызвал Кони в Петербург для «представления государю личных объяснений по делу». Анатолий Федорович начал свой доклад с сообщения о том, что в результате предварительного расследования не установлено следов какого-либо террористического акта. Затем он изложил свои выводы о виновности должностных лиц, причастных к трагедии. По его словам, все они проявили «преступную небрежность к поезду чрезвычайной важности». Закончил свой доклад Кони сообщением о «хищнических действиях» правления при эксплуатации железной дороги, стремлении любым путем к наживе, безответственности служебного персонала и попустительстве всему этому со стороны Министерства путей сообщения. «Итак, ваше мнение, что здесь была чрезвычайная небрежность?» — спросил император. «Если характеризовать все происшествие одним словом, независимо от его исторического и нравственного значения, — ответил Кони, — то можно сказать, что оно представляет сплошное неисполнение всеми своего долга».
Император поблагодарил Анатолия Федоровича за проведенную работу и интересный доклад и пожелал успехов в завершении дела.
Н. А. Манасеин был очень доволен тем, как прошел доклад. Он сказал Кони: «Я наблюдал, как он вас слушал; можно ручаться, что он не позабудет ни одного слова, и я думаю, что вас лично можно поздравить с забвением всего того, что так вас долго и несправедливо удручало».
Вернувшись в Харьков, Кони с участием следователя Марки и прокурора Дублянского предъявил обвинение некоторым должностным лицам дороги, а затем, в начале 1889 года выехал в Петербург.
Вопрос о привлечении к ответственности высших должностных лиц империи, в том числе министра путей сообщений, должен был решаться в Государственном совете. Особому совещанию, на котором дело докладывал А. Ф. Кони, предстояло решить вопрос, есть ли основания для передачи дела в департамент гражданских и духовных дел. За привлечение к ответственности высказались семь человек, против — четверо. Результат рассмотрения дела в департаменте, по выражению Кони, был «поистине возмутителен». Все виновные отделались выговором даже без «внесения его в формуляр». Кони писал, что он был «возмущен до боли», а Манасеин — «подавлен и сконфужен». Когда министр юстиции доложил императору о результатах обсуждения дела в департаменте Государственного совета, тот проговорил: «Как? Выговор и только? И это все? Удивляюсь!.. Но пусть будет так. Ну, а что же с остальными?».
