Уволить Анатолия Федоровича, пользовавшегося правом несменяемости, не решились. Вскоре новым министром юстиции стал Д. Н. Набоков. В министерстве он сразу же попал в атмосферу, «полную мстительной неприязни» к Кони. Министр не смог сразу же понять своего талантливого сотрудника, поэтому отношения у него с Кони были вначале довольно натянутыми. Принимая Кони, Набоков сказал, что государь, хотя и не потребовал от него непременно отставки председателя Санкт-Петербургского окружного суда, но «вспоминал о деле с упреком». Относительно же резюме Кони перед уходом присяжных в совещательную комнату, Набоков заметил, что «председатель суда разжевал и положил в рот присяжным оправдание Засулич». Эти слова вызвали протест со стороны Кони, заявившего, что в необъективности его не обвинял даже граф Пален.
После столь резкого разговора, отношения Кони с министром стали «взаимно холодными». Министерство при случае всегда старалось дать понять «неугодность» Кони — представления председателя суда о наградах и пособиях свои подчиненным демонстративно «не уваживались», а его самого иногда назначали в такие комиссии, в которых, по словам Кони, «присутствие живого юриста звучало какою-то насмешкою над ним» и т. п.
Так продолжалось до тех пор, пока не произошло одно событие, заставившее Д. Н. Набокова изменить свое отношение к Кони.
В январе 1879 года под председательством Кони в Санкт-Петербургском окружном суде слушалось дело Юханцева о растрате двух с половиной миллионов рублей Общества взаимного кредита. Процесс был трудный и шел уже несколько дней. Набоков лично пришел в суд, чтобы послушать резюме председателя. 25 января, когда перед самым своим выступлением Кони шел в зал, судебный пристав подал ему записку, в которой сообщалось, что умирает его отец, долго и тяжело болевший. Отложить заседание Кони не мог. От волнения он даже изменился в лице. Это заметил Набоков, который спросил, что случилось. В ответ Анатолий Федорович молча подал ему записку и открыл заседание. Когда он закончил свое двухчасовое резюме и отпустил присяжных совещаться, Набоков был неузнаваем. Вот как описывает это событие сам Кони: «Он крепко сжал мою руку и сказал мне, что слышав в свое время резюме лучших председателей за границей, он не предполагал, что можно дойти до такого совершенства, которое я проявил, несмотря на тяжкие мысли, которые должны были меня осаждать, и что он считает своим долгом высказать мне свою радость, что имел случай лично меня узнать. И, действительно, с этих пор понемногу лед между нами растаял, хотя и были случаи довольно неприятных разговоров».
