В октябре 1881 году, когда Кони находился за границей на лечении, он неожиданно получил телеграмму от министра юстиции Д. Н. Набокова с предложением занять пост председателя департамента столичной судебной палаты. Обоснованно полагая, что речь может вестись только об уголовном департаменте и не чувствуя никакого подвоха, он согласился. Однако когда он прибыл в Санкт-Петербург, то с удивлением узнал, что 21 октября состоялось его назначение в гражданский департамент. Кони был настолько обескуражен этим, что даже подумывал об отставке. Министру юстиции стоило больших трудов отговорить его от такого шага. Гражданскими делами Кони никогда раньше не занимался, поэтому, будучи исключительно добросовестным юристом, он почти сутками находился на работе, вникая во все тонкости договоров, обязательств, права наследования и собственности и т. п., и вскоре почувствовал себя вполне теоретически подготовленным к гражданскому судопроизводству.
И все же гражданские дела, это не уголовные. Однообразие практики стало его утомлять, а старики, сидевшие в департаменте, «застывшие в рутине и болезненно самолюбивые» действовали на него удручающим образом. В 1883 году за отличие по службе он был произведен в действительные статские советники. Но даже это радовало мало. Деятельной натуре сорокалетнего юриста нужен был простор. Масло в огонь подливали друзья, которые уговаривали Кони оставить службу и уйти в адвокатуру, намекая, что министерство, отняв у него «живое слово», обрекло его способности на «преждевременное увядание».
Министр юстиции Д. Н. Набоков не забыл своего обещания при случае перевести Кони вновь на уголовные дела. В конце 1884 года он внес императору предложение о назначении Кони обер-прокурором уголовного кассационного департамента Правительствующего сената. Когда об этом стало известно обер-прокурору Святейшего Синода К. П. Победоносцеву, то он немедленно обратился с письмом к Александру III: «Я протестовал против этого назначения, — говорилось в нем, — но Набоков уверяет, что Кони на теперешнем месте несменяем, тогда как обер-прокурором при первой же неловкости или недобросовестности может быть удален со своего места… Назначение это произвело бы неприятное впечатление, ибо Вам памятно дело Веры Засулич, а в этом деле Кони был председателем и выказал крайнее бессилие. А на должности обер-прокурора кассационного департамента у него в руках будут главные пружины уголовного суда России».
