Незадолго до суда граф Пален вдруг забеспокоился. Он пригласил к себе Кони и прямо спросил его, может ли он ручаться за вынесение обвинительного приговора. Тот откровенно сказал, что не может. Ответ возмутил Палена. «Не можете? Ну, так я доложу государю, что председатель не может ручаться за обвинительный приговор; я должен это доложить государю!» Кони сказал, что он также настаивает на этом. Однако такой доклад не состоялся — Пален на него не решился.
Накануне процесса министр еще раз встретился с Кони. «Ну, Анатолий Федорович, — начал он, — теперь все зависит от вас, от вашего умения и красноречия». На это Кони резонно заметил, что «умение председателя состоит в беспристрастном соблюдении законов, а красноречивым он быть не должен, ибо существенные признаки резюме — бесстрастие и спокойствие».
Граф Пален намекнул, что Кони мог бы повлиять на присяжных, которые «сделают все, что он скажет». Анатолий Федорович опять возразил, сказав, что «влиять на присяжных должны стороны», это их «законная роль». Тогда министр, хитро подмигнув, произнес: «Знаете что? Дайте мне кассационный повод на случай оправдания». На такое предложение Кони, с присущей ему достоинством, ответил: «Ошибки возможны и, вероятно, будут, но делать их сознательно я не стану, считаю это совершенно не согласным с достоинством судьи».
В. И. Засулич была судом оправдана. Встретив Кони после суда, граф Пален смог только заметить: «Ну, вот, видите, каковы они, ваши присяжные! Ну, уж пусть теперь не взыщут, пусть не взыщут!».
Вскоре после окончания процесса началась самая настоящая травля Кони. Через несколько дней после суда министр юстиции пригласил его к себе, говорил с ним раздраженно, упрекал в «вопиющем нарушении обязанностей», в «оправдательном резюме» и т. п. В заключение сказал: «Уполномочьте меня доложить государю, что вы считаете себя виновным в оправдании Засулич и, сознавая свою вину, просите об увольнении от должности председателя». Кони ответил, что он «не согласен ни на какие компромиссы».
Обстановка, сложившаяся после оправдания Засулич, обсуждалась в Комитете министров, проходившем под председательством императора Александра II. На нем граф Пален по существу отдал Кони «на растерзание без малейшей попытки сказать хоть слово в разъяснение роли председателя на суде присяжных». Он даже заявил, что «не отвечает за своих судей». Министр государственных имуществ П. А. Валуев также пытался доказать, что Кони — главный виновник оправдания Засулич. Единственным человеком, не разделявшим поспешных обвинений против Кони, был военный министр Д. А. Милютин.
