А ведь вокруг столько озер, практически стыкующихся с морским берегом, где так удобно было бы перемалывать то небольшое количество зерна, необходимое для скудной пищи иноков. Но немногие знали тогда, что должна была перемалывать построенная игуменом Филиппом мельница, расположенная так нерационально, как будто что-то очень важное не давало возможности подвинуть сооружение хотя бы на несколько метров, туда, где расстояние между заливом и Святым озером минимально. Но нет. Филипп настаивал именно на таком расположении и отдавал себе отчет в том, какие средства он вкладывает для того, чтобы именно в этой точке земли закрутились огромные деревянные колеса, приводящие в движение массивные каменные жернова. Значит, было ради чего. И было ради чего. Иван Васильевич столь милостиво относился к происходящему.
Изначально поражали размеры самой мельницы. Просто невероятно, зачем на севере, где едва растет рожь, необходимо было такое здание, которое с легкостью бы справилось с урожаем всей волости! А ведь монахов было совсем немного… Даже летом, когда на стройки приезжали трудники, количество человек на островах редко превышало полтысячи. Зачем же так перестарались с мельницей?
Иван Грозный и Федор Колычев, а в постриге — Филипп, хорошо знали, что на самом деле перемалывали монастырские жернова. Поэтому строительные работы не утихали. В монастыре стали появляться первые значительные каменные сооружения — церкви. Уже в 1550 году, при необычайной скорости строительства, был завершен храм в честь Успения Божьей Матери, но Филипп не остановился на достигнутом, желая построить величественную и роскошную церковь. Царь же продолжал жаловать обитель различными милостями, полностью отменил пошлины на соль, даровал монастырю прибрежные земли с деревушками. Но братия все же забеспокоилась: уж слишком заносчивым и дорогим показался монахам проект нового храма, опасались долгостроя и нехватки денег. Но Филипп ни минуты не сомневался, добывая средства для монастыря прямо-таки из-под земли, что, кстати, для Соловков было буквальным. В 1558 году преступили к строительству Спасо-Преображенского собора. Филипп все чаще наведывался в Москву к явно благоволившему его обители государю. Что вез игумен в столицу? Уже тогда это было тайной, ставшей потом главной не только для самих Соловков, но и для российских царей.
В 1566 году игумен Филипп Колычев был срочно вызван в Москву. Иван Грозный уготовил ему сан митрополита Московского. Это было тяжелое время: затянувшаяся Ливонская война, начавшаяся с победоносного разгрома ордена, оборачивалась для Руси все более тяжкими экономическими бедствиями. Надвигался мрачный период опричнины. Казна пустовала, не редкостью стали так называемые карательные походы государевых отрядов по зажиточным русским городам. Подземные работы на Соловках шли полным ходом, монастырь просто процветал на фоне нищающей страны. Бывший настоятель не забывал о своей обители. Кстати, к тому времени уже существовало свое собственное посольство Соловков в Москве — подворье монастыря.
