Архиепископ Геннадий, допрашивая возвращенного из Москвы еретика Самсонку, узнал от него о столичном кружке Федора Курицына. В самом Новгороде еретики, видя гуманное к ним отношение московских властей, начали публично осквернять иконы и отказываться от причастия. Когда особо ретивого еретика Захарию архиепископ Геннадий пытался наказать, тот сбежал в Москву, и стал оттуда рассылать клеветнические грамоты, обвиняя в ереси самого владыку.
Тогда владыка Геннадий написал в Москву, прямо указав на Федора Курицына как на главную опору жидовствующих в столице. От главы Церкви митрополита Зосимы архиепископ потребовал созыва собора для осуждения еретиков. Одновременно Геннадий обратился к другим архиереям: архиепископу Ростовскому и Ярославскому Тихону, епископу Суздальскому и Тарусскому Нифонту, Вассиану Тверскому, Филофею Пермскому и другим, убеждая их встать на борьбу с ересью и созвать собор, чтобы покарать жидовствующих.
Собор состоялся 17 сентября 1490 г. На нем прокляли протопопа новгородского Гавриила, Дионисия (Алексий уже умер) и других ересиархов. Они были отправлены в Новгород к архиепископу Геннадию для гражданской казни. Митрополит Зосима не осмелился на соборе защищать еретиков, но после собора стал удалять исповедников Православия с важных церковных постов и ставить на них еретиков.
И тогда преподобный Иосиф Волоцкий начинает активную борьбу с ересью и в первую очередь с покровителем жидовствующих, митрополитом Зосимой. В письме епископу суздальскому Нифонту Иосиф призывает его очистить Церковь от неслыханного соблазна, открыть глаза государю, свергнуть Зосиму: «В великой церкви Пречистой Богородицы, сияющей как второе солнце посреди всея Русской земли, на том святом престоле, где сидели святители и чудотворцы Петр и Алексий… ныне сидит скверный и злобный волк, одетый в одежду пастыря, саном святитель, а по воле своей Иуда предатель и причастник бесам».
В 1494 г. Иоанн III снял Зосиму с формулировкой «за пьянство и нерадение о церкви» и отправил его сначала в Симонов, а потом в Троицкий монастырь на покаяние. Митрополитом стал Симон, который начал активно искоренять ересь жидовствующих. В то же время и Иосиф Волоцкий, имея доступ к государю, требовал от него искать и казнить еретиков по всей русской земле. Для противодействия еретикам преподобный написал трактат «Просветитель», в котором описал основные положения учения жидовствующих и полностью опроверг их. Казалось, конец ереси был уже близок.
