Однако в 1498 г. происходит новый, неожиданный поворот. По проискам еретиков была оклеветана греческая царевна Софья, ее сын Василий (будущий отец Иоанна Грозного) попал в опалу, зато внук Иоанна III, Димитрий (сын Елены Волошанки, сочувствовавшей жидовствующим) был объявлен наследником. Умри в тот момент Иоанн III, и жидовствующие через регентшу Елену стали бы управлять Россией.
Но происки заговорщиков были раскрыты уже через год. Великий князь Иоанн III Васильевич наложил опалу на Елену Волошанку и ее сына (а в 1502 г. заточил его в темницу), объявив наследником престола своего сына от византийской принцессы Софьи Палеолог — Василия, который стал ревностным борцом с жидовством.
Летом 1503 г. преподобный Иосиф отправился на собор в Москву. Вся сила теперь была на стороне наследника Василия, и «не без его влияния сам Иван Васильевич III пожелал видеть Иосифа». Великий князь просил у Иосифа прощения за свою слабость к еретикам и закончил свою беседу обещанием выловить всех еретиков. Однако и год спустя обещание Великого князя не было исполнено. Еретики гуляли на свободе, ересь расползалась по городам и весям. Тогда преподобный Иосиф обратился за содействием к духовнику Великого князя, архимандриту Митрофану, чтобы тот пригрозил государю карой Божией, если Иоанн III не исполнит своего обещания.
Наконец в декабре 1504 г. состоялся еще один собор в Москве, которого настойчиво требовал преподобный Иосиф. Собор окончательно осудил ересь жидовствующих, а самые неисправимые еретики были казнены. Остальных разослали по монастырям «на исправление».
Митрополит Иоанн (Снычев) подчеркивал: «…внешняя деятельность еретиков была направлена на внедрение в аппарат властей — светской и духовной, имея конечной целью контроль над их действиями и решающее влияние на них. Проще сказать, целью еретиков в области политической является захват власти».
Нетрудно понять, что большая часть еретиков уцелела. Притворно «покаявшись» (а иудейская мораль, которую они исповедывали вслед за своими наставниками, позволяет лжесвидетельствовать), многие жидовствующие оказались разосланы по всей стране, разнося свою ересь и заражая ею окружающих. После разгрома 1504 года они стали намного осторожнее. Начался латентный период этой духовной болезни. За полвека ересь разрослась и проникла в массы монашества и священства. Как и все тайные общества, ересь жидовствующих оказалась на редкость живуча (и, к слову сказать, дожила до наших дней). Во второй половине XVI века еретики решили воспользоваться политическими неурядицами и поддержали новгородских сепаратистов и партию удельных князей в их борьбе с центральной властью.
