Как считает Платонов, «в организации секты жидовствующих многое напоминало будущее масонство: строгая законспирированность, проникновение в высшие слои правительства и духовенства, ритуал, включающий «обряд» поругания святыни… Являясь непримиримыми врагами христианства, жидовствующие скрывали свою ненависть к нему, втайне рассчитывая постепенно разрушить его изнутри». Обольщая астрологией и чернокнижием, Схария и другие прибывшие с ним иудеи хвалились каббалою, древними преданиями, якобы дошедшими до них от Моисея, уверяли даже, что имеют книгу, полученную Адамом от Бога, что знают все тайны природы, могут объяснить сновидения, угадывать будущее, повелевать духами.
В 1480 г. ересь проникла в Москву. И невольно помог этому сам Великий князь Иоанн III, который за показное благочестие и книжность перевел в столицу тайных еретиков Алексия (которого сделал протоиереем Успенского собора в Кремле) и Дионисия, (ставшего во главе Архангельского собора). Алексий снискал особенную милость государя, имея к нему свободный доступ. Одновременно жидовствующие прельстили архимандрита Симонова монастыря Зосиму, инока Захария, близкого царю дьяка Федора Курицина и многих других. После смерти в 1489 г. владыки Геронтия Алексий убедил великого князя Иоанна III поставить митрополитом еретика Зосиму.
В 1487 г., совершенно случайно, архиепископ Геннадий обнаружил эту тайную ересь в Новгороде. Четыре напившихся еретика, поссорившись, стали упрекать друг друга в нечестии. Владыке донесли. Геннадий, арестовав еретиков, послал их в Москву, требуя для них гражданской казни (публичной порки кнутом). В столице, как пишет исследователь И. Хрущов, «не горячо взялись за дело о еретиках, тянули его и Геннадию не слали ответа. Сам митрополит повел себя двусмысленно».
Тогда архиепископ Геннадий пишет к Нифонту, епископу Суздальскому, прося его обратиться к Великому князю и митрополиту. И только после этого митрополит Геронтий взялся за дело более энергично и сообщил Геннадию, что Великий князь совместно с собором решили дело о еретиках, признав виновными в ереси троих. Их били кнутом и отослали обратно в Новгород, приказав Геннадию продолжать следствие. Дело о первых еретиках (Григории, Ересиме и Самсоне) закончилось зимою 1488 г. В начале 1489 г. скончался владыка Геронтий.
В тайное общество, которое организовали в Москве еретики, привлекались в основном высокопоставленные люди. Среди них — известный дипломат, дьяк Федор Курицын, которого Иоанн III посылал в Волошскую землю по поводу брака сына его Ивана Молодого с Еленой, дочерью воеводы Стефана. По другим данным, сам Федор Курицын был активным пропагандистом ереси, которую завез на Русь из Европы. Еретики обратили в жидовство вдову умершего царевича Ивана Молодого — Елену Стефановну, невестку Великого князя. В сентябре 1490 г. тайный еретик Зосима, архимандрит Симонова монастыря, стал митрополитом. Таким образом, еретики проникли к самым вершинам светской и духовной власти.
