Прежде всего царь переселил в недавно завоеванное Казанское царство около 180 представителей княжеских родов из Владимиро-Суздальской земли, реквизировал их родовые вотчины и выдал взамен поместья под Казанью. Таким образом, было подорвано политическое и экономическое влияние родовой аристократии.
Пострадала и старомосковская знать (Шереметевы, Морозовы, Головины), но гораздо меньше, чем Владимиро-Суздальская, так как старомосковское боярство происходило не от удельных князей-рюриковичей и потому не могло претендовать на политическую власть. Здесь основной целью была конфискация родовых вотчин и перевод их в фонд поместного землевладения.
Что же касается кровавых репрессий, то при учреждении опричнины было казнено максимум пять человек. Два года спустя все «репрессированные» были возвращены из казанской ссылки и получили поместья в различных районах страны.
Однако кроме борьбы с княжеским сепаратизмом опричнина выполняла и иную задачу.
Конец XV — начало XVI в. ознаменовалось невиданным для России потрясением. В Русской Православной Церкви была раскрыта тайная секта, исповедующая жидовство.
Ересь жидовствующих появилась на Руси в 1471 г., когда в свите приглашенного в Новгород из Киева князя Михаила Олельковича оказался иудей Схария, «умом хитрый, языком острый». Вместе с ним в Новгород прибыли еще несколько иудеев. Новгород был выбран ими не случайно. Этот город имел тесные торговые и политические связи с Западом, здесь процветал культ торговли, а самое главное — Новгород на протяжении веков был антогонистом великокняжеской власти вообще и московского самодержавия в частности.
На время пребывания в Новгороде иудейских эмиссаров приходится период ожесточенного противостояния с Москвой литовской партии во главе с Марфой Борецкой. В битве на реке Шел они 14 июля 1471 г. московское войско наголову разбило новгородское ополчение. В августе 1471 г. побежденные новгородцы подписали договорные грамоты с Иоанном Третьим, по которым московский государь еще частично сохранял новгородскую автономию, но потребовал не переходить на сторону Литвы и поставлять новгородского архиепископа в Москве.
Схария, распространяя в Новгороде свое учение, не был озабочен пропагандой в народе. Его интересовало духовенство и верхи общества. Прежде всего Схарии удалось привлечь двух священников, Дионисия и Алексия. Как отмечает историк О. А. Платонов, еретики пытались насадить в Русской церкви иудаизм. Жидовствующие отрицали Святую Троицу, Христа как Сына Божьего, хулили Святого Духа. Они отвергали Божество Спасителя и Его воплощение, отрицали Второе славное пришествие Христово и Его Страшный Суд. Еретики отвергали апостольские и святоотеческие писания и все христианские догматы, отрицали церковные установления: таинства, иерархию, посты, праздники, храмы, иконопочитание. Особенно ненавидели они монашество.
