На внутренних фарватерах штатное ночное освещение совершенно не включалось, а дневное ограждение было снято и заменено условными тычками. Манипуляторные пункты включались только по приказанию оперативного дежурного (ОД) штаба ВМБ. Распоряжение передавалось по радио условными сигналами непосредственно на манпункты, которые обслуживались личным составом гидрорайона. Для входа в базу командиры кораблей обязаны были заблаговременно сообщить об этом ОД штаба базы по радио. Получив разрешение, корабли должны были подойти к подходной точке, где они встречались специальным кораблем, в кильватер которому следовали в базу, или же принимали с этого корабля лоцмана и под его проводкой следовали самостоятельно к месту назначения.
От подходной точки было проложено три новых фарватера, доступных для прохода кораблей с осадкой до 8 м. Вновь проложенные фарватеры были обследованы контрольным промером и тралением. Основные повороты были ограждены условными тычками.
Ввод, вывод и расстановка кораблей по диспозиции были возложены на флагманского штурмана базы С. Ф. Меньшикова, которому был придан личный состав военно-лоцманской службы. Лоцманскую службу обеспечивали катер МО или буксир, а позже канонерская лодка «Лайне», выходившие в подходную точку для приемки и проводки кораблей.
В тех условиях, когда открытие манпунктов было нежелательно, для ориентировки своих кораблей (по предварительной согласованности) применялось свечение прожекторов в зенит, стрельба батарей Руссаре и Хесте-Бюссе, а также выход брандвахтенного корабля с секторным цветным огнем.
Выполнением этих мероприятий была достигнута обеспеченность свободного плавания своих кораблей и затруднено плавание кораблей противника.
Закрытие всех известных фарватеров, уничтожение ориентирных знаков и огней мирного времени, заграждение фарватеров минами, установление совершенно новых фарватеров, жесткого режима и правил плавания были правильными мероприятиями и полностью себя оправдали.
Попытка торпедных катеров противника прорваться в базу по фарватерам мирного времени не удалась.
За время военных действий и до конца эвакуации Ханко в базу было введено и выведено свыше 130 кораблей и судов, причем среди них были корабли большого водоизмещения: турбоэлектроход «Иосиф Сталин», минные заградители «Марти» и «Урал», плавмастерская «Серп и Молот», транспорты и эсминцы.
В 8.00 4 июля в порт прибыли четыре транспорта из Таллина — «Вильсанди», «Сомери», «Аэгна» и «Абрука» под эскортом сторожевого корабля «Буря», БТЩ-214 «Бугель» и четырех торпедных катеров. Спустя полчаса боевые корабли ушли в Таллин. Транспорты доставили боезапас, бензин, продовольствие, инженерное имущество и пулеметную роту. Ее 12 станковых пулеметов были распределены между островом Хесте-Бюссе, нуждавшимся в усилении обороны, и вторым боевым участком. Защитники базы спешно укрепляли огневую защиту северного побережья полуострова от десантов.
