На Ханко базировался 8-й дивизион 2-й бригады подводных лодок — 9 лодок типа М (М-90, М-94, М-95, М-96, М-97, М-98, М-99, М-102 и М-103). Командовал дивизионом капитан 3-го ранга Е. Г. Юнаков. У дивизиона имелась береговая база. К началу войны в базе находились только четыре лодки: М-95, М-96, М-98, М-103; одна находилась в дозоре, остальные ремонтировались в Таллине.
Охрана водного района (ОВР) базы под командованием капитана 2-го ранга М. Д. Полегаева имела в своем составе всего три катера «малых охотника» МО — 311, 312, 313, буксир OP-1 и малые катера охраны рейда ОР-2 — ОР-10. Учитывая шхерные условия в расположении базы, имеющихся в составе ОВРа кораблей было мало для защиты всей акватории.
Командование базы еще в мирное время в своих докладах командованию КБФ неоднократно отмечало необходимость иметь в составе ОВРа базы сторожевые корабли, тральщики, бронекатера.
Кроме катеров, в состав ОВРа входили боновая и сетевая партии. Однако, несмотря на наличие личного состава, бонов и сетей в базе не было. В базе хранилось 400 малых германских (периода Первой мировой войны) мин, однако специальных кораблей как для постановки мин, так и для их траления не было. Всех этих средств для обороны базы с моря было явно недостаточно.
Планировалось поступление в состав базы дивизиона сторожевых кораблей типа «Вихрь» (4 единицы) и дивизиона тральщиков. В Ханко периодически заходили тральщики, сторожевые корабли и эсминцы. Однако, несмотря на стратегически выгодное расположение базы, ни эсминцы, ни тральщики на постоянное базирование, как первоначально предусматривалось приказами Наркома ВМФ, так и не прибыли.
Охрану сухопутной границы Ханко осуществлял 8-й пограничный отряд НКВД Прибалтийского пограничного округа майора А. Д. Губина. Отряд располагался вблизи пограничной железнодорожной станции Лаппохья.
В Ханко базировался и морпогранотряд Прибалтийского пограничного округа НКВД, имевший четыре катера типа МО — ПК-236, 237, 238, 239.
На полуострове дислоцировался 13-й истребительный авиационный полк 61-й истребительной авиабригады ВВС КБФ под командованием Героя Советского Союза полковника И. Г. Романенко (начальник штаба майор П. Л. Ройтберг), насчитывающий 60 самолетов (30 И-153 и 30 И-16). В июне 1941 г. на полуострове оставались штаб полка и находилась только одна 4-я эскадрилья капитана Л. Г. Белоусова — 10 «чаек» (И-153) и один И-16, остальные три эскадрильи под Ленинградом получали новые машины.
