Всего в базе находилось двенадцать зенитных батарей — 48 76-мм орудий. Кроме того, на Ханко имелись две зенитно-пулеметные (26 пулеметов М-4) и две прожекторные роты.
Участок ПВО имел свои плавсредства — три катера типа КМ и четыре баркаса.
Расположение зенитных батарей обеспечивало как все наиболее угрожаемые направления, так и все наиболее ценные объекты от ударов с воздуха.
Недостатком ПВО базы было отсутствие вынесенных на расстояние постов Воздушного наблюдения и оповещения связи (ВНОС), которые оповещали зенитчиков о самолетах противника. Границы базы были определены так, что посты ВНОС, расположенные буквально рядом с охраняемыми объектами, не могли заблаговременно обнаружить подход самолетов противника, дать возможность вовремя ввести в бой все средства ПВО базы. Но границы не изменились.
В начале войны для перевооружения зенитных батарей начали поступать новые 85-мм орудия обр. 1939 г. Но ввиду отсутствия к ним прицелов, таблиц стрельбы и достаточного количества боезапаса по своему прямому назначению они использованы не были.
Прибывшие четыре 85-мм орудия были установлены как противокатерные батареи — два на острове Густавсверн и два на полуострове Ханко в районе метеостанции.
Сухопутную и противодесантную оборону базы обеспечивала 8-я Особая стрелковая бригада трехполкового состава. Командовал ею полковник Н. П. Симоняк, начальник штаба — капитан Г. Р. Кетлеров. Бригада имела в своем составе два стрелковых полка: 270-й (полковник Н. Д. Соколов) и 335-й (майор Н. С. Никаноров, начальник штаба — майор С. М. Путилов). Стрелковые полки имели численность до 2700 человек, а также батарею 76-мм полевых пушек, 45-мм противотанковую батарею и взвод 120-мм минометов. Полковая артиллерия была на конной тяге.
343-й артиллерийский полк майора И. О. Морозова имел на вооружении девять батарей (36 орудий), сведенных в три дивизиона: 1-й — 76-мм пушки, 2-й — 122-мм гаубицы, 3-й — 152-мм пушки-гаубицы.
297-й отдельный танковый батальон (командир капитан К. А. Зыков) имел 33 танка Т-26 и 11 танкеток. В состав бригады входили также 204-й зенитный артдивизион, саперный батальон (майор Ф. Г. Чудесенко), батальон связи, тыл бригады.
1-я бригада торпедных катеров капитана 2-го ранга B. C. Черокова к началу войны состояла из двух дивизионов и насчитывала 20 катеров. Из них один отряд — 6 катеров проходил боевую подготовку в Рижском заливе, базируясь на Усть-Двинск. На Ханко оставались 14 катеров. Бригада имела свою береговую базу и вспомогательные плавсредства: быстроходный катер ЯМБ (яхта моторная — скорость хода 24 узла), три малых катера ТК-12, ТК-13 и ТК-14 со скоростью 7–9 узлов.
