Сухопутный аэродром был расположен в районе деревни Тякктом. Запасных посадочных площадок на территории полуострова не было. На аэродроме находилась и 11-я отдельная авиационно-ремонтная мастерская.
Кроме того, базу, согласно плана обороны и прикрытия полуострова Ханко, утвержденного командующим Ленинградского военного округа генерал-лейтенантом М. М. Поповым, должна была поддерживать авиация 4-й смешанной авиадивизии, самолеты которой должны были вылететь по вызову командования базы.
На Ханко размещалась 81 отдельная авиационная эскадрилья (ОАЭ) гидросамолетов МБР-2. Командовал ею капитан В. Н. Каштанкин, начальник штаба старший лейтенант Н. Ф. Юргелевич. К началу войны она насчитывала 9 МБР-2. Эскадрилья дислоцировалась на морской аэродром в районе острова Кутерн. Запасных оборудованных аэродромов для морских самолетов на Ханко не было. Для буксировки гидросамолетов эскадрилья имела катера: ВВС-52, ВВС-53 и ВВС-55.
Гидрорайон базы имел гидрографические суда (ГИСУ) «Волна», «Веха», промерные катера и манипуляторную службу.
Находившиеся на полуострове 51, 145, 93 и 94-й строительные батальоны, 124-й инженерный батальон, 21-й дорожно-восстановительный батальон и 101-я строительная рота были подчиненные центральным управлениям в Москве, а 296-я отдельная строительная рота и 219-й саперный батальон — Ленинградскому военному округу (ЛВО). Большинство строительных частей в мирное время подчинялись особому строительному отделу — ОСО-3.
В Ханко имелись управление коменданта города (комендант старший лейтенант Орлов) с подчиненной 158-й отдельной местной стрелковой ротой, управление военной железной дороги с подчиненным ему 8-м железнодорожным батальоном.
Тыл базы возглавлял капитан 2-го ранга Н. С. Куприянов. Порт Ханко (командир интендант 1-го ранга А. В. Колесников) обеспечивал базирующиеся корабли углем, нефтью, продовольствием, водой и пр. Для угля был построен склад вместимостью 2000 т, для нефти — цистерны на 2000 т. Запас продовольствия был рассчитан на 4–6 месяцев, запас пресной воды составлял 200 т. Порт имел пять буксиров (ПХ-1, ПХ-2, ПХ-3, ПХ-4 и И-17), два мотобота (№ 42 и 46), баржи (№ 12, 14, 18, 37 и Р-55), плавкраны. Уже после начала войны в Ханко прибыли транспорты «Вахур», «Вохи» и «Хильде» для обеспечения деятельности базы.
Медико-санитарную службу базы возглавлял военврач 2-го ранга М. Г. Ройтман. На Ханко имелись два госпиталя. Военно-морской госпиталь — начальник военврач 2-го ранга Ю. В. Лукин. В расположении 8-й ОСБ находился полевой госпиталь. При базе существовал дом отдыха «Гангутец».
