В начале марта 1943 г. полк понес тяжелейшие потери – в марте в полку осталось всего пять летчиков. Высшим командованием было принято решение полк расформировать, а остаткам личного состава прибыть в Рыбинск для формирования нового полка. Командир полка Лукин на свой страх и риск принял решение тайно доставить в Рыбинск Боевое Знамя полка. Правдами и неправдами командир добился отмены приказа о расформировании. 6- й дальнебомбардировочный авиаполк был укомплектован до полного штата и вооружен новенькими самолетами Ил-4. Летом 1943 г. по указу Президиума Верховного Совета СССР полк получил новое знамя, а старый, иссеченный осколками полковой стяг передан на хранение. Ныне первое знамя 6-го ДБАП хранится в Центральном музее Вооруженных сил.
Пополнение прибыло в полк с Дальнего Востока. Никто из новых летчиков не имел боевого опыта. Нехватка, а точнее отсутствие боевого опыта привела к трагедии 13 июля 1943 г. Полк в новом составе ушел на боевое задание всего во второй раз. Над Орлом зенитками было сбито сразу десять самолетов…
В 1944 г. полк был перевооружен бомбардировщиками Ту-2, одна эскадрилья получила именные самолеты «Москва». 20 августа полк в парадном строю прошел на Ту-2 над Красной площадью – парад в честь Дня Воздушного Флота. Первый боевой вылет на новой технике личный состав выполнил в декабре 1944 г. с аэродрома Шауляй, который после войны на долгие годы станет родным домом полка.
25 января 1945 г. две девятки Ту-2 под командованием майора Салова бомбили порт Либава. Перед бомбометанием истребители прикрытия отошли с сторону, чтобы не входить в зону действия ПВО противника. Как выяснилось, решение командира группы истребителей оказалось роковым. Над целью бомбардировщики встретил не только огонь зениток, но и группу Fw 190. «Фоккеры» атаковали спереди снизу. В первой же атаке истребители противника подожгли Ту-2 капитана Первушина и ст. лейтенанта Трифонова.
Трифонов направил горящий самолет в скопление немцев и сбросил бомбы. Самое удивительное заключается в том, что отважный летчик остался жив! Чудом ему удалось покинуть самолет. Первушин дотянул горящий бомбардировщик до территории, занятой нашими войсками, после чего отдал приказ экипажу покинуть самолет. При прыжке у парашютов стрелка и радиста перехлестнулись стропы, а штурман ударился о шайбу киля. В тот раз Первушина судьба хранила, он погиб позже. Надпись «За Петра Первушина» появилась на Ту-2 с бортовым номером «2», на котором летал майор Са- лов – еще один забытый герой 6-го полка.
