Существенным был и личный конфликт двух главных конструкторов – С. П. Королева и В. П. Глушко, из-за которого двигатель для ракеты Н1 начали делать на авиационном (!) заводе.
Помимо личного соперничества и «несходства характеров», конфликт вытекал из сталинских репрессий. Оба они были арестованы, и, насколько можно понять, С. П. Королев до конца жизни считал, что В. П. Глушков оговорил его, хоть и под пытками, и он был арестован (и дважды чудом не погиб на Колыме) именно из-за этого оговора. Раскрытие архивов НКВД доказало, что ничего подобного не было, но С. П. Королев, по-видимому, этого так никогда и не узнал.
После перевода из лагерей в «шарашку» С. П. Королев работал в подчинении у В. П. Глушко (хотя до ареста некоторое время был его непосредственным руководителем) и входил в список 35 освобожденных и награжденных специалистов, который последний написал по памяти в приемной Сталина после своего вызова к нему в 1944 году.
После запуска первого искусственного спутника Земли их дружбе довольно быстро пришел конец, ибо при их фактическом равенстве вся система советского управления была нацелена на прославление только одного человека. Им под псевдонимом «Главный конструктор советских космических систем» стал С. П. Королев, а остальные пять главных конструкторов – и среди них единственный на практике равный С. П. Королеву и даже формально второй после него в Совете главных конструкторов В. П. Глушко – даже не упоминались, пусть и в засекреченной форме. Это вызвало острую обиду В. П. Глушко, которую прекрасно понимал С. П. Королев; при этом оба четко и опять-таки болезненно осознавали, что первый является великим конструктором, а второй – всего лишь великим организатором.
Однако помимо этих личных пертурбаций в их непримиримом конфликте был и исключительно важный содержательный аспект. В. П. Глушко последовательно отстаивал необходимость разработки фтороводородных двигателей, исключительно сложных в эксплуатации и грозящих катастрофой (в том числе и экологической, хотя тогда таких слов не знали) при малейшем отклонении от технологии. С. П. Королев, будучи практиком до мозга костей, понимал невозможность точного соблюдения чрезмерно сложной технологии и потому и слышать не хотел об этих двигателях, несмотря на их высокую мощность, и предпочитал использовать традиционные жидкий кислород и керосин.
Однако при определении топлива конкретно для ракеты Н1 ситуация изменилась: С. П. Королев продолжал отстаивать свою позицию, а В. П. Глушко предлагал «азотный тетраоксид с несимметричным диметилгидразином» («АТ с НДМГ»). В этом споре прав, как сейчас представляется, был уже В. П. Глушко.
