Спецкомитет функционировал, по сути дела, как параллельное правительство, занимавшееся приоритетным научно-техническим развитием. Он не подчинялся обычному правительству – Совету Министров, обеспечивавшему рутинное, повседневное, инерционное функционирование общества.
В состав Спецкомитета входили многие структуры, формально подчинявшиеся обычным министерствам и ведомствам: некоторые подразделения Минобороны и разведки (в то время существовавшей в форме Информационного комитета МИДа), предприятия и институты разных министерств (например, тяжелой промышленности или сельхозмашиностроения). Эти структуры не подчинялись своим формальным руководителям и представляли собой «вынесенные» части Спецкомитета. Спецкомитет выгодно отличался от обычных громоздких, иерархических структур управления своей внебюрократической организацией, прежде всего – всемерным поощрением горизонтальных связей, по сути дела, предвосхитившим и опередившим на целую историческую эпоху сетевые, межведомственно-междисциплинарные принципы организации проектной деятельности. В Спецкомитете применялись методы индивидуального отбора кадров по результатам предварительного тестирования и награждений по достигнутым конечным результатам. (Нелишне вспомнить, что вроде бы приверженные идее уравнительности большевики пытались внедрить хозрасчет на протяжении практически всего своего нахождения у власти; первая крупномасштабная попытка такого рода за пределами ГУЛАГа была предпринята на февральском Пленуме ЦК ВКП (б) 1941 года!) Именно их дальнейшее применение во многом обеспечило сверхэффективность советского ВПК.
В результате деятельности Спецкомитета Советский Союз в невероятно сжатые сроки создал атомное (в 1949 году) и термоядерное (в 1953 году) оружие. При этом если активная работа советской разведки позволяет преуменьшать эффективность советской науки и техники при создании атомного оружия (но уже давно установлено, что получаемые от нее данные носили вспомогательный характер, хотя и способствовали сокращению сроков), то при разработке термоядерного оружия ссылки на нее уже невозможны. Ведь советские ученые опередили американских коллег, доказав не только свою полную самостоятельность, но и лидерство.
Когда после убийства Берии Спецкомитет был распущен, а его рабочие структуры подчинены обычному, «линейному» правительству, инерции его достижений и впервые созданной им культуры научно-технической деятельности хватило на долгие годы.
