Военные действия спровоцировали новую волну слухов о предстоящем усилении боевой мощи ВВС. Слухи почву под собой имели. Велись переговоры о покупке в Югославии шести самолетов J-21 «Ястреб», но македонская сторона требовала провести перед поставкой капитальный ремонт самолетов с заменой двигателей, чего югославы обеспечить после событий 1999 г. не могли. Македонское государственное телевидение выдало в эфир информацию об использовании в боях двух вертолетов Ка-50 и о грядущей покупке на Украине шести истребителей МиГ-29. В начале августа греческие СМИ сообщили, что будто бы Турция передает Македонии в лизинг 24 истребителя F- 16. Наконец 2 августа британская газета «Санди Тайме» выдала сообщение о поставки из Грузии нескольких модернизированных израильтянами штурмовиков Су-25КМ «Скорпион».
Реально ВВС усилились 4 сентября с прибытием еще пары экс-украинских Ми-24 В (новые бортовые номера «209» и «210»), а 28 декабря в Македонию из Украины перегнали две «двадцатьчетверки» редкой модификации – Ми-24К (VAM-211, VAM-212), предназначенные для ведения разведки и корректировки артиллерийского огня. Вертолеты Ми- 24К использовались в ВВС Македонии как обычные боевые вертолеты, а большинство специального оборудования с них сняли. Все вертолеты Ми-24 перед отправкой в Македонию проходили капитальный ремонт на заводе фирмы «Авиакон» в Конотопе. ВВС Македонии стали обладателем самого мощного в регионе «кулака» боевых вертолетов – полноценной эскадрильей из 12 машин. Годом раньше такого никто и нигде не мог представить.
В марте 2000 г. была достигнута договоренность о покупке на Украине 12 вертолетов Ми-8, но затем македонцы решили не подписывать контракт под предлогом сближения с НАТО и перехода на НАТОвский стандарт военной техники.
В конце 2001 г. в составе ВВС была сформирована 401-я учебно-тренировочная эскадрилья. На 401-ю эскадрилью возлагалась задача подготовки пилотов; эскадрилья получила три «Зли- на» из 101-й авиационной эскадрильи и два вертолета UH-1D из 301-й транспортной вертолетной эскадрильи. Правительство страны поставило целью сделать Македонию членом НАТО. Ожидалось, что страну примут в блок до конца 2008 г. В январе 2002 г. началась реорганизация вооруженных сил в «небольшие, но мобильные и очень эффективные силы» с переходом от корпусной системы на бригадную, принятую в НАТО. В ВВС оставили одну бригаду из четырех эскадрилий: 101-й авиационной, 201-й боевой вертолетной, 301-й транспортной вертолетной и 401- й учебно-тренировочной эскадрильи. В 2002 г. в составе ВВС было сформировано 501-е парашютно-диверсионное подразделение (501 Padobransko Diverzantski Odred). Оно было сформировано по стандартам НАТО, его личный состав тренировался к проведению поисково-спасательных и диверсионных операций на территории, контролируемой противником, проходил парашютно-десантную подготовку. Прыжки выполнялись с вертолетов, а впоследствии с единственного в ВВС транспортного самолета Ан-2, который был закуплен в 2003 г.
