Работая в больнице, владыка, как и раньше, благословлял больных. По воскресеньям и праздничным дням святитель совершал богослужения в церкви, которая находилась на расстоянии чуть меньше километра от больницы, но прихожане решили, что выезд архиерея в храм должен происходить с большим почетом, на покрытых ковром санях. Духовная жизнь с прибытием в Туруханск святителя заметно оживилась. Местная община подчинялась Красноярскому живоцерковному раскольническому архиерею. Владыка Лука своей проповедью о грехе раскола и неканоничности обновленческой церкви привел к покаянию всю туруханскую паству, присоединив ее к законной Православной Церкви, возглавляемой Патриархом-исповедником Тихоном. Все это послужило поводом к дальнейшей высылке святителя.
В зимнюю стужу 1924–1925 годов архиепископа Луку отправили в енисейскую глухомань за сотни километров севернее Полярного круга. Палачи, видимо, рассчитывали на верную гибель ссыльного. Условия, в которых оказался святитель, были очень тяжелые. Это была плохо отапливаемая в лютый мороз изба, с льдинами вместо окон и никогда не тающим снегом на полу, но и здесь святитель был истинным пастырем стада Христова. Вместе с немногочисленными жителями поселения он читал Евангелие, крестил их детей. Но и Плахино не стало постоянным местом ссылки — святителя возвратили в Туруханск, где он пробыл еще восемь месяцев. Срок ссылки истек в январе 1926 года, и святитель вернулся в Красноярск на санях по замерзшему Енисею. На протяжении этого длинного и трудного пути его неизменно встречали толпы народа, и он совершал богослужения в переполненных храмах, много проповедовал.
С 1927 по 1930 год епископ жил в Ташкенте как частное лицо, так как был лишен и епископской, и университетской кафедры. Он вспоминал: «Занимаясь только приемом больных у себя на дому, я, конечно, не переставал молиться в Сергиевском храме на всех богослужениях, вместе с митрополитом Арсением стоя в алтаре». При этом владыка не только лечил, но и оказывал материальную помощь неимущим пациентам. Однажды он приютил брата и сестру, отец которых умер, а мать попала в больницу. Вскоре девочка стала помогать ему во врачебных приемах. Владыка постоянно посылал ее по городу разыскивать больных бедняков. Другая девочка, которой он помог, вспоминала о беседах с епископом Лукой: «Любой разговор как-то сам собой поворачивался так, что мы стали понимать ценность человека, важность нравственной жизни».
