После длительного следствия мерой наказания для святителя Луки определили ссылку в город Енисейск Красноярского края. Туда его отправили в начале зимы 1923 года. В Енисейске на квартире святитель Лука и другие ссыльные священнослужители совершали по воскресеньям и другим праздничным дням всенощное бдение и Литургию. Вот что вспоминает об одной такой службе святитель: «В один из праздничных дней я вошел в гостиную, чтобы начать Литургию, и неожиданно увидел стоявшего у противоположной двери незнакомого старика-монаха. Он точно остолбенел при виде меня и даже не поклонился. Придя в себя, он сказал, отвечая на мой вопрос, что в Красноярске народ не хочет иметь общения с неверными священниками и решил послать его в город Минусинск, верст за триста к югу от Красноярска, где жил православный епископ, имени его не помню. Но к нему не поехал монах Христофор, ибо какая-то неведомая сила увлекла его в Енисейск ко мне. «А почему же ты так остолбенел, увидев меня?“ — спросил я его. «Как было мне не остолбенеть?! — ответил он. — Десять лет тому назад я видел сон, который как сейчас помню. Мне снилось, что я в Божием храме и неведомый мне архиерей рукополагает меня во иеромонаха. Сейчас, когда Вы вошли, я увидел этого архиерея!“ Монах сделал мне земной поклон, и за Литургией я рукоположил его во иеромонаха. Десять лет тому назад, когда он видел меня, я был земским хирургом в городе Переславле-Залесском и никогда не помышлял ни о священстве, ни об архиерействе. А у Бога в то время я уже был епископом. Так неисповедимы пути Господни».
В Енисейске святитель работал в городской больнице, где блестяще выполнял хирургические, гинекологические, глазные и другие операции, а также вел большой прием у себя на квартире. Сам владыка вспоминал: «Мой приезд в Енисейск произвел очень большую сенсацию, которая достигла апогея, когда я сделал экстракцию врожденной катаракты трем слепым маленьким мальчикам-братьям и сделал их зрячими». Но возрастающая популярность ссыльного епископа сделала невыносимым его пребывание со стороны местных властей, кроме того, благодаря активной проповеднической деятельности святителя православное население Енисейска перестало посещать обновленческие церкви и окормлялось у святителя Луки. В результате из Енисейска уже местные власти переправили ссыльного в еще более глухой край — в Туруханск.
По воспоминаниям святителя, его встретили очень хорошо: «В Туруханске, когда я выходил из баржи, толпа народа, ожидавшая меня, вдруг опустилась на колени, прося благословения. Меня сразу же поместили в квартире врача больницы и предложили вести врачебную работу. Незадолго до этого врач больницы, поздно распознав у себя рак нижней губы, уехал в Красноярск, где ему была сделана операция, уже запоздалая, как оказалось впоследствии. В больнице оставался фельдшер, и вместе со мной приехала сестра из Красноярска — молодая девушка, только что окончившая фельдшерскую школу и очень волновавшаяся от перспективы работать с профессором. С этими двумя помощниками я делал такие большие операции, как резекция верхней челюсти, большие чревосечения, гинекологические операции и немало глазных».
