С ноября 1917 года его переводят в подводный флот — вначале командиром транспортной подлодки UC-27, которая обеспечивала в открытом море действия своих ударных «коллег», а в январе 1918-го Канариса назначают командиром U-34 и позднее — U-128. Командир подводной лодки в любом флоте — это высший офицерский класс, и капитан-лейтенант Канарис его подтвердил, отправив на дно три транспорта и заслужив Железные кресты 1-го и 2-го классов.
Рейх Вильгельма II рухнул. Мог рухнуть и родной для Вильгельма Канариса строй жизни. И Канарис принимает на себя обязанности по связи между морскими формированиями «черного» Добровольческого корпуса — контрреволюционного Фрейкора — и военным министром социал-демократом Густавом Носке. Бывший боевой офицер помогает подавить восстание военных моряков в Киле, а вскоре становится адъютантом Носке. До этого политикой не интересуясь, он с головой уходит в неё и примыкает к единственно приемлемому для него политическому направлению — крайне правому. Но и тут сказалась скрытность Канариса — он предпочитал роли хотя и значительные, но — тайные, теневые. И видимым образом все поздние «веймарские» годы Германии он был просто флотским офицером. В нацистском движении Канарис участия не принимал, однако фюрера как рейхсканцлера принял сразу, потому что Гитлер обрел власть при помощи «королей» тяжелой промышленности, и можно было надеяться, что новый рейхсканцлер будет действовать в русле политического «крестного отца» Канариса Носке, которого рабочие прозвали «кровавой собакой». Носке, к слову, от такого прозвища не открещивался и всегда рассматривал себя как слугу Капитала, а если и «демократии», то — исключительно буржуазной.
В 1935 году капитан цур зее (капитан 1 ранга) Канарис принял предложение тогдашнего начальника военной разведки рейха капитана цур зее Конрада Патцига заменить его на этом посту. Патциг не поладил с Гиммлером и быстро набирающим силу Гейдрихом, уходил в «почетную отставку» во флот, но хотел иметь преемником симпатичного ему человека. При содействии адмирала Редера новое назначение Канариса состоялось.
Придя в абвер, Канарис сразу заявил о необходимости тесной связи с НСДАП и со службой безопасности партии — СД. Он охотно участвовал в партийных съездах в Нюрнберге, щеголяя адмиральской формой и импозантной сединой, и не менее охотно помогал Гитлеру укрепляться. Ведь фюрер в глазах Канариса был в то время человеком Золотого Интернационала — как и сам Канарис.
