Частыми стали неожиданные атаки из воздушных засад и с замаскированных площадок. Потери бомбардировщиков, в том числе и Ju 88, в октябре резко возросли. Не помогала ни активная защита пулеметным огнем, ни пассивная при помощи сбрасываемых на противника сеток или разбрызгивания маслянистых веществ. Но поиски таких средств не прекращались. Так, под стабилизатором стали делать небольшие углубления для размещения 2-кг бомб, получивших обозначение "ласточкино гнездо". Дистанционно управляемое устройство выбрасывало бомбу; в воздушном потоке крыльчатка ставила ее на боевой взвод. Взрыв обычно происходил на расстоянии 40-80 м от хвоста бомбардировщика. Но и к таким хитростям наши истребители приспособились.
Кроме больших потерь, на снижении активности "люфтваффе" сказались и плохое состояние аэродромов, и рост числа неисправных машин. Большинство авиагрупп и отрядов опять нуждались в отдыхе и пополнении. Вместо этого немецкое командование было вынуждено в октябре перебросить около четырехсот исправных самолетов в Северную Африку. В результате, когда советские войска перешли в контрнаступление, а вскоре и окружили войска 6-й армии под Сталинградом, оказать решительное противодействие "люфтваффе" не смогли. Из семи боеспособных в то время групп Ju 88 только две находились на Восточном фронте.
Острая необходимость заставила применять бомбардировщики в роли транспортных машин для снабжения окруженной группировки. Участвовали в этом и "юнкерсы" из эскадры KG 76. но без особого успеха: бомболюки Ju 88 были слишком малы и неудобны. Бомбардировщик Не 111 гораздо лучше зарекомендовал себя для подобной работы в трудных погодных условиях.
В начале 1943 г. Ju 88 уже стало трудно использовать как дневной бомбардировщик. Но и в ночных действиях этот самолет не получил широкого применения. Одна из причин – неудовлетворительный обзор. Как отметил английский испытатель Хартлей: "Поскольку обзор через одну стеклянную панель ограничен, то у пилота всегда создавалось впечатление, что он озирается через тюремную решетку".
Но весной 1943 г. Ju 88 еще отнюдь не отошел на второй план. По-прежнему вездесущи они были в разведывательных подразделениях. Против Советского Союза "юнкерсы" и ранее действовали в составе эскадрилий разведки Верховного Главнокомандования, дальнеразведывательных групп в интересах воздушных флотов и сухопутных войск, а также подразделений метеоразведки. Теперь к ним добавились и ночные разведывательные эскадрильи. На вооружении всех этих частей были Ju 88D, но в последнем случае вместо стандартных фотоаппаратов установили специальную камеру для съемки ночью. Применение двух сбрасываемых подвесных баков емкостью по 900 л позволяло экипажам по 12-14 часов находиться в воздухе.
