При формировании таких групп, медленно летящие бомбардировщики были очень уязвимы, но, к сожалению, советские истребители еще не вели в это время охоту во вражеском тылу.
Фашисты в летних боях большое внимание уделили воздействию на упорно обороняющуюся советскую пехоту. Для этой цели использовали и новые модификации Ju 88. Так, в эскадре KG 51, наряду с заводской моделью А-13 с двумя подкрыльевыми батареями из 16 пулеметных стволов каждая и контейнерами с осколочными "лягушками" (2-кг противопехотные бомбы), применяли импровизированные переделки А-4 с установкой дополнительных пулеметов в окнах кабины.
Активны были в середине 1942 г. и "юнкерсы разведчики". Иногда им поручали выполнение стратегических задач. Так, в мае они демонстративно фотографировали оборонительные рубежи под Москвой, чтобы создать у советского командования представление, что именно на этом участке немцы готовятся к наступлению. Но чаще Ju 88 вели разведку прифронтовой зоны. Выполнять свою работу им стало значительно труднее, так как новые советские истребители уже имели необходимый запас скорости, и мощное пулеметно-пушечное вооружение. От перехвата разведчиков могла спасти хорошая летно-тактическая подготовка. И действительно, экипажи "юнкерсов" умели использовать солнце и облачность, вовремя переходили на бреющий полет.
Летом 1942 г. становилось все заметнее, что взоры германского командования привлекал Сталинград. Оно перебрасывало на это направление дополнительные силы; им противодействовала наша 8-я воздушная армия. В мае-июне советские истребители отгоняли от города только "юнкерсов" – разведчиков, месяц спустя – небольшие группы бомбардировщиков, а вечером 23 августа Ju 88 вместе с Не 111 участвовали в невероятном по силе и жестокости налете на Сталинград. Уцелевшие посты ВНОС зафиксировали тогда более 2000 самолето-пролетов. По свидетельству секретаря обкома ВКП(б) А.С.Чуянова, "зажигательные бомбы сыпались на город в неисчислимом количестве. За считанные секунды возникли сотни пожаров…".
Ju 88 действовали не только над сушей, но и над морем. На Крайнем Севере немецкая авиация должна была обеспечить защиту жизненно важных для Германии никелевых рудников и препятствовать прохождению арктических конвоев в СССР. Ударной силой "люфтваффе" там стала эскадра KG 30. Именно в ней, в сентябре 1939 г., Ju 88 проходил войсковые испытания.
Экипажи прекрасно овладели машиной, а сами "юнкерсы" были тщательно подготовлены для действий в Арктике. В частности защищались от обледенения носки крыла, стабилизатор, лопасти винтов, остекление кабины. В то же время имеющиеся у экипажей спасательные средства давали сбитым летчикам мало шансов выжить в ледяной воде. Конвой PQ-16 был первым, подвергшимся мощному удару авиации. Только 27 мая 1942 г. были потоплены 6 и серьезно повреждены еще 3 транспорта и один эсминец. Атаки осуществлялись на предельной дальности, вне зоны действия советских истребителей. Следующий конвой, PQ-17, был вообще разгромлен совместными ударами пикировщиков, торпедоносцев и подводных лодок.
