Трудности эксплуатации привели к падению процента боеспособных "юнкерсов" – не более половины их теперь могло подняться в воздух. Зимой 1941-42 гг. соединения бомбардировщиков выполняли роль "пожарной команды", пытаясь задержать разворачивающееся советское контрнаступление. Так, эскадру KQ 51 перебрасывали то в Донбасс в помощь частям 1-ой танковой армии, то в Феодосию для противостояния высадке десанта, то под Севастополь…
Новый всплеск активности "люфтваффе" начался в конце весны 1942 г. Директива фашистского руководства определила на лето основным участком боев на Востоке юг, где действовал значительно усиленный 4-й воздушный флот. В частности, из Сицилии возвратили эскадру KG 77. Вместе с KG 51 и KG 76, целиком вооруженными "восемьдесят восьмыми", эта эскадра сражалась под Керчью, Харьковом, Севастополем. К этому времени произошло полное перевооружение на модификацию Ju 88А-4. Внешне она отличалась от А-5 лишь расширением задней части кабины. Это позволило вести огонь одновременно из обоих задних пулеметов. Кроме того расширился сектор обстрела, а новые пулеметы с ленточным питанием имели большую практическую скорострельность.
Многие внутренние изменения модели А-4 не бросались в глаза. Прежде всего упростилась работа пилота. Количество приборов сократили, а автоматика больше помогала в работе летчику. Усиленная конструкция и увеличенные размеры основных колес шасси позволили поднять грузоподъемность на 500 кг. Теперь максимальный взлетный вес ограничивался 14 т (ранее 12,5 т). Кроме того, пилоты научились пикировать без выпуска тормозных щитков и выходить в горизонтальный полет без сброса бомб, что ранее категорически запрещалось. На фронте этим часто пользовались, желая побыстрее проскочить зону сильного зенитного огня. Испытания показали, что плоскости Ju 88А- 4 лишь слегка деформировались, чем на фронте пренебрегали. Одной из важных особенностей самолета, повысившей его ценность как пикировщика, стало дополнение прицела BZA приставкой, автоматически учитывающей скорость, высоту и поправку на ветер.
По точности бомбометания с пикирования двухмоторные Ju 88 практически не уступали одномоторным Ju 87. Особенность операций "юнкерсов" летом 1942 г.: широкий аэродромный маневр с массированным применением на ' узких участках фронта. В июне советские посты ВНОС зарегистрировали рекордное количество самолето-пролетов вражеской авиации – 63949. Немецкие самолеты работали все светлое время суток. Ненадолго на аэродромных узлах компактно собиралась вся эскадра, но советские летчики препятствовали этой тактике, нанося чувствительные удары по аэродромам, особенно ночью. Тогда немцы придумали тактическую новинку. Самолеты взлетали с разных аэродромов одновременно и летали на малой высоте, собираясь в большие группы.
