В Риме большие толпы народа своими проповедями собирал монах августинского ордена Аостино. Лойола критиковал его выступления, назвав их лукавыми и снисходительными. Диспут Аостино и Лойолы, который смотрела и слушала половина Рима, с блеском выиграл Игнатий. Тут же, в июне, власти получили несколько доносов о том, что Лойола – еретик, осужденный инквизиторским судом в Алкале, Саламанке, Париже и Венеции. В этих городах его изображение было сожжено на ауто-да-фе, потому что сам виновник бежал. Лойола потребовал у губернатора Рима вызвать всех доносчиков и предъявить доказательства его преступлений. В присутствии губернатора и папского легата доносчики признались, что не могут сказать ничего дурного ни о нравах, ни о жизни духовных рыцарей. Губернатор отказался проводить расследование, но о доносах говорил весь Рим и Лойола потребовал провести разбирательства. Папа был в Ницце, где мирил испанского и французского королей. Только в начале осени 1538 года он вернулся в Рим, и Игнатий Лойола встретился с ним в летней папской резиденции Фраскати. Судебное следствие началось. В Рим из Алькалы, Саламанки, Парижа, Венеции прибыли инквизиторы Фигероа, Фриас, Ори и Вералли, которые на суде подтвердили, что Игнатий Лойола не еретик, и на всех судах был оправдан. 18 ноября 1538 года суд Рима торжественно оправдал Игнатия Лойолу. Доносчики во главе с августинцем Аостино были изгнаны из Вечного города. Через несколько дней они появились в Женеве, где выступили уже как враги католицизма. Очевидно, в Швейцарии их трапеза уже не была столь скудной, как в Италии.
В доме Квирино Гарцони, который благородный дон подарил Обществу Иисуса, члены ордена теперь встречались постоянно, проводя частые заседания. Было единогласно решено просить папу дать согласие на учреждение их ордена, несмотря на то, что Павел III был вообще против создания новых монашеских орденов, предлагая всем желающим вступать в уже существующие многочисленные монашеские конгрегации и объединения. Римская курия ссылалась на постановление Четвертого Латеранского собора 1215 года и Второго Лионского собора 1274 года, запрещавших образование новых монашеских орденов. Запрет, впрочем, нарушался папами, если они видели, что новые подвижники принесут пользу католической церкви.
20 ноября 1538 года Игнатий Лойола и его товарищи объявили, что предоставляют себя в распоряжение папы, в соответствии с Монмартрской клятвой 15 августа 1534 года. Они переехали в дом Антонио Франджипани, где прожили почти два года. Количество духовных рыцарей постоянно росло. 25 декабря 1538 года, в полночь, отец Игнатий Лойола совершил свою первую мессу на престоле Яслей Господних в церкви Санта-Мария-Маджоре.
