Больше всего споров вызвал конец романа. В первой редакции герой умирает, во второй он, придя к мужественной резиньяции, формирует свой характер, научаясь общественной деятельности. Именно во второй редакция проявилась художественно-этическая зрелость позднего Келлера.
Тема «Зеленого Генриха» и всех новелл одна и та же: воспитание в человеке подлинной гражданственности, слияние личных стремлений с потребностями общества. Келлер излагает эту тему в письме к своему издателю: «Мораль моей книги: тот, кому не удается создать упорядоченные личные и семейные отношения, не способен также к плодотворной гражданской деятельности». Келлер объясняет затем, что если он выдвинет на первый план общественные причины крушения, которые претерпевает герой, роман получится слишком тенденциозным; если же первое место займет вина самого человека, произведение примет моральный характер. Он решил избрать второй путь.
Эта декларация представляет собой скрытую полемику против тенденциозной литературы «Молодой Германии». На самом деле Келлер изображает сознательно, глубоко и верно сложное взаимодействие между общественными силами и человеческой личностью. Как глубоко он понимал социальную проблематику буржуазного общества, видно из письма к Хеттнеру, написанного одновременно с письмом к издателю. Он пишет Хеттнеру, что намерен «показать, как мало гарантий для правильного воспитания индивидуальности дает еще ныне даже такое просвещенное и свободное государство, как Цюрих, ели нет гарантий в семье и личных отношениях…»
Эта постановка вопроса, главного для всего творчества Келлера, обусловила в первой редакции романа смерть героя. Тяжкими усилиями, не однажды уклоняясь от правого пути, Генрих пробивается к верным и здравым жизненным воззрениям. Но, отдаваясь всецело развитию своей личности, он приносит в жертву своей цели жизнь матери. Возвратись домой, он встречает погребальное шествие. «Генрих, умеющий воспринимать жизнь только как единство и целостную связь и, следовательно, не способный заглядывать вперед и поступать как человек, улучшающий жизнь, теперь не примиренный с прошлым, почувствовал себя внезапно разрушенным. Ведь жизнь простой, необразованной женщины такая же важная часть его мира, как и все другое».
Это отношение к личной морали соответствует всему мировоззрению Келлера. Однако неясно, безусловно ли основная мысль произведения требует смерти Генриха? Не продиктован ли такой конец в большей мере субъективным, преходящим настроением писателя, чем объективной диалектикой самого материала? Против этого конца романа сразу же возражали серьезные критики: Фарнгаген, Фишер, Хеттнер. И Келлер, защищая его в дружеской переписке с Хеттнером, сам невольно выдает субъективность своего первого замысла. Он прежде всего уверяет Хеттнера, что конец романа исполнен с художественной точки зрения, неточно, потому что он писал его взволнованный, «буквально обливаясь слезами». И затем он рассказывает о положении своего героя после смерти его матери: «…что же ему делать дальше? Время, философия, общественная терпимость его конечно, оправдали бы потому что, в сущности, у него не было злого умысла. Но событие застигло его врасплох, после долгих волнений, подкосивших все его существо. Этот удар, конечно, случайность, — называйте, как хотите. Но всему, в том числе и книге, должен быть конец, и я полагал, что этот, при всей неясности, более значителен, чем итоговая свадебная глава».
