На Родосе иоаннитские рыцари создали великолепный военный флот, переняв лучшие достижения моряков всего мира. Были построены большие галеры с обшивной броней и пятьюдесятью гребцами в двух рядах. На галере находились несколько рыцарей, 200 солдат. Иоанниты применяли знаменитый «греческий огонь». Самый большой корабль иоаннитов, построенный в XV веке – «Святая Анна» – по праву считался первым броненосцем. Иоанниты боролись с мамелюками, совершали рейды на сирийское и ливанское побережье.
В 1310 году флот Родосских рыцарей разгромил у острова Аморгоса, находившегося в 150 километрах от Родоса, турецкую флотилию нового Османского государства, образованного в 1299 году Осман-беем и Орхан-беем. Через 8 лет у острова Хиос рыцари рассеяли 80 турецких судов. В 1320 году 30 рыцарских кораблей отбросили 80 турецких судов, попытавшихся высадить на Родосе десант. В 1347 году флот иоаннитов разгромил в сражении при острове Имроз турецкий флот из 100 судов. В 1365 году иоанниты в союзе с войсками кипрского правителя Пьера де Лузиньяна участвовали в разгроме египетского флота и взятии Александрии. Иоанниты совершали рейды на города Леванта, Малой Азии, Египта, постоянно увеличивая свою военную мощь.
В 1440 году рыцари отбросили от Родоса десант египетского султана, потери иоаннитов к египтянам соотносились как один к десяти. В 1444 году рыцари снова отбились от египтян после полуторамесячной осады, отбросив их двадцатитысячную армию. Дело кончилось в 1448 году подписанием мирного договора Родоса и Египта.
В 1453 году войска турецкого султана Мехмеда II уничтожили Византию. Султан объявил войну Ордену иоаннитов и поклялся разорить Родос. В середине XV века Родосские рыцари, готовясь к турецкому нашествию, укрепили Родос – были выкопаны рвы и построена стометровая стена со стороны моря высотой до десяти метров. В мае 1480 года семидесятитысячная турецкая армия попыталась взять Родос. Остров со всех концов света прибыли защищать более шестисот рыцарей всех восьми «языков» ордена. В бою за центральный пункт обороны Родосской крепости – форт Сент-Николас – в сражении в проломе стены рыцари отбросили турок. Сам великий магистр в бою получил пять ран. Родосские рыцари стали посылать брандеры, зажигавшие турецкие суда. В августе 1480 года турки ушли с Родоса, превратив весь остров, кроме крепости, в груду развалин. В историю вошли слова великого магистра Филиппа д’Обюссона, сказанные в проеме стены: «Лучше умрем здесь, чем отступим. Можем ли мы когда славнее за веру умереть?» При осаде погибло более десяти тысяч турок.
