Верховную власть ордена осуществлял Священный Капитул, в первое время созывавшийся великим магистром раз в три года. Капитулу подчинялся постоянный Совет (consiglio ordinario), состоявший из великого магистра, восьми столпов, провинциальных приоров и капитульских бальи, осуществлявший управление орденом.
Римские папы постоянно давали привилегии иоаннитам, исключив их из подчинения местной светской и духовной власти и дав им право собирать церковную десятину в свою пользу. Священники ордена отчитывались только перед капитулом и великим магистром. В 1143 году папа Иннокентий II издал специальную буллу, по которой орден иоаннитов не подчинялся ни духовным, ни светским властям – только непосредственно самому римскому папе. Иерархия ордена иоаннитов – рыцари, священники и братья – госпитальеры – была утверждена римским папой в 1259 году.
В 1124 году с помощью иоаннитских рыцарей была снята осада арабов с главного порта Иерусалимского королевства – Яффы и взят Тир, богатейший город в Восточном Средиземноморье. В 1153 году иоанниты участвовали во взятии Аскалона – важного египетского города, в 1168 году – в неудачной осаде Каира. К концу XII века в ордене иоаннитов служили более шестисот рыцарей.
После потери крестоносцами завоеванных ими земель на Востоке, в конце XIII века иоанниты перебрались на Кипр, захваченный в 1191 году отрядами английского короля Ричарда Львиное Сердце и проданный тамплиерам. Храмовники перепродали остров королю Иерусалимского королевства Ги де Лузиньяну. Иоанниты построили замки в Никосии, Колосси, в Лимиссо двадцать лет была резиденция ордена.
В начале XIV века орден иоаннитов почти четыре года воевал с Византией за остров Родос, расположенный у берегов Малой Азии. В 1310 году на Родос иоанниты перенесли резиденцию ордена и стали называться «сувереном Родоса», что было утверждено папой Климентом V. Иоанниты стали называться Родосскими рыцарями. В 1312 году, после разгрома ордена тамплиеров, большая часть его имущества и недвижимости в соответствии с буллой римского папы Климента V перешла к Родосским рыцарям – только в Европе Иоаннитский орден тогда имел 656 командорств, в каждом из которых обязательно был организован госпиталь.
Именно на Родосе окончательно сформировался устав ордена и сложилась иерархическая структура ордена иоаннитов. Великий магистр, избираемый пожизненно рыцарями-выборщиками, провоевавшими не менее трех лет и не менее тринадцати лет служившие ордену, совместно с восемью столпами – начальниками «языков» Прованса, Оверни, Франции, Арагона, Кастилии, Италии, Англии, Германии, руководил Советом и Священным Капитулом ордена. Великий Госпитальер – столп Франции – считался первым заместителем Великого магистра, Казначеем был столп Прованса, Интендантом – столп Арагона, Великий Канцлер – столп Кастилии – являлся министром иностранных дел и хранителем документов, Великий Маршал – столп Оверни – командовал орденской пехотой, столп Англии – кавалерией, Великий Бальи – столп Германии – отвечал за крепости и замки. В XV веке в ордене была введена должность Главного санитара – инфермерария, считавшаяся одной из самых главных.
