В процессе освоения ракетной системы случались некоторые нестандартные ситуации. Так в 1961 г. на самолёте Ту-1 6К экипаж капитана Г.А.Зимина, выполнявшего задание на тактический пуск, ракета К-10С не убралась в походное положение. Имелось опасение, что при посадке она может коснуться ВПП. Но все прошло успешно. После выполнения нескольких исследовательских полётов руководство экипажу дополнили особым случаем посадки с ракетой в неубранном положении.
Камнем преткновения, пожалуй, во все времена, являлась надёжность – определяющий элемент боевой готовности и эффективности техники. Опыт первых лет эксплуатации ракетных комплексов «Комета» и Ту-16К-10 свидетельствовал, что последний не отличается высокой надёжностью, хотя и основательно к 1961 г. доработан.
Почти 50% выполненных в 1961 г. пусков К-10С оказались неудачными, причём в 32 % случаев по вине промышленности. Ракетный комплекс «Комета» выглядел благополучнее, так как подобных пусков оказалось 30 %.
Одним из наиболее наглядных показателей возможностей комплекса, во всяком случае в полигонных условиях, считалась величина среднего радиального отклонения ракет от цели. Но так как пуски производились по довольно крупным целям, то критерий упростили до прямого попадания. И переубедить в чем-то обратном руководителей не представлялось возможным. В начальный период освоения до 65 % выпущенных ракет поражали цель, в 1963 г. все ракеты поразили цели. В 1964 г. количество попаданий снизилась до 87 % . Однако полученные в учебных условиях данные безусловно не могли приниматься за показатель эффективности и приходилось производить достаточно сложные расчёты, а также создавать определённую обстановку на полигонах, приближённую к боевой.
Совместными усилиями учёных, промышленников и эксплуатационников систему К-10 удалось существенно доработать: минимальную высоту пуска снизить с 5 000 до 1 500 м, высоту полёта на стабилизированном участке – с 1200 до 600 м.
После замены БЧ на облегчённую, установки дополнительного топливного бака на 200 л в сочетании с доработкой системы расхода топлива, дальность полёта ракеты возросла до 325 км, она получила обозначение К-10СН. Не избежала переделок и бортовая РЛС. Изменение частоты посылки и длительности зондирующих импульсов передатчика позволило увеличить дальность обнаружения кораблей с 320 до 450 км. Одновременно РЛС дополнили устройством, обеспечивающим выделение в отряде кораблей главной цели.
