Много проблем с начала эксплуатационных испытаний приходилось решать с навигационным комплексом, и в частности очень большие трудности возникали с эксплуатацией инерциальных систем И-42, которыми первоначально был оборудован самолет. Эта система не обеспечивала точности навигации и была конструктивно ненадежной. Изначально ОКБ им.С.В.Ильюшина предполагало сертифицировать Ил-96 в трехчленном составе экипажа – без штурмана. Но именно из-за множества нареканий со стороны летного состава к навигационному оборудованию самолета в конце концов в состав экипажа был вынужденно введен штурман.
В дальнейшем эту проблему удалось успешно решить, заменив систему И- 42 на LITTON-90/100. Это, кстати, пример одного из удачных путей улучшения новой отечественной авиатехники – частичное внедрение на ней такого оборудования иностранного производства, которое позволяет быстро и эффективно решать существенные проблемы эксплуатации самолета и при этом легко "сочетается" с отечественным оборудованием. И если в области навигации внедрение на отечественных самолетах систем LITTON или, скажем, KLN90 позволило успешно решить большинство проблем, то в области авионики или электроники аналогичные возможности по сей день реализуется далеко не полностью.
Огромную проблему с самого начала эксплуатации самолета Ил-96 в подразделениях ГА создали двигатели ПС90А, которые еще не были доработаны даже до сегодняшнего уровня. Число отказов двигателей в год превышало … количество самолетов! Можно сказать, что именно низкая эксплуатационная надежность двигателей ПС90А стала самым мощным и, увы, убийственным аргументом у противников отечественной авиатехники при обсуждении вопроса: закупать зарубежные самолеты или делать ставку на свои? Из-за многочисленных отказов двигателей эксплуатация Ил-96 на раннем этапе была для авиакомпаний сплошным мучением и разорением: срывы коммерческого расписания, дорогостоящая закупка двигателей и частые работы по их замене (хотя технологически и вполне доступные, так как не требуют высоких стремянок, мощных подъемников и проч.). Наконец, постоянный моральный ущерб, невозможность обеспечивать нормальное планирование полетов – все это приводило к перерасходам финансовых и производственных средств. Можно только поблагодарить тогдашнее (начало 1990-х годов) руководство "Аэрофлота" и Домодедовского производственного объединения за терпение.
В процессе эксплуатационных испытаний, когда начались дальние беспосадочные полеты с длительной непрерывной работой двигателей ПС90А, вскрылись серьезные и опасные проблемы с горячей частью двигателя (камера сгорания и турбина), чего нельзя было выявить на ранней стадии испытаний при выполнении полетов малой и средней протяженности. В этот период ОАО "Авиадвигатель", несмотря на огромные проблемы с финансированием, все же смогло решить комплекс сложных технических задач по доработке двигателей.
