Такой финал, однако, не удержал одного из братьев Малик-шаха, Такаша, сначала в 1081 году, а затем вторично в 1084 году произвести восстание в Хорасане. После поражения ему по приказанию султана выкололи глаза.
Несмотря на исключительно большое влияние визиря, впоследствии Малик-шах стал все более подробно вникать во все государственные дела. Он придавал большое значение восстановлению разоренных местностей, основанию научных заведений, постройке больших зданий с общественно полезными целями, покровительствовал искусству. Малик-шах любил большие путешествия внутри своего государства, стремясь лично ознакомиться с местными условиями. Его отличало и особенное стремление заботиться о бедных людях.
…Через много лет в Нишапуре, в один из тех редких моментов, когда у него было хорошее настроение, Омар Хайям рассказал нескольким своим ученикам историю, приключившуюся с султаном: «Один из его знатных мамлюков проходил мимо бедного человека, продававшего арбузы. Взяв арбуз, он не уплатил за него. Продавец пошел с жалобой к султану Малик-шаху. Султан спросил у него: „Узнаешь ли ты обидчика?“ Тот ответил отрицательно. А сезон арбузов уже прошел. Султан приказал позвать своих мамлюков и, когда они пришли, сказал им: „Мне очень захотелось арбуза, но сейчас ведь не время. Может быть, кто-нибудь из вас достанет мне его?“ И тогда тот мамлюк воскликнул: „О владыка! Не ищи — у меня есть арбуз!“ Султан приказал взять его под стражу и позвал человека, который опознал его. Султан сказал ему: „Это мой мамлюк, и я дарю его тебе, бери его!“ Мамлюк выкупил себя за 300 динаров. Человек вернулся к султану и сказал: „Государь наш! Я продал мамлюка, которого ты подарил мне, за триста динаров!“ Султан спросил: „Ты доволен этой суммой?“ Тот ответил утвердительно».
Поглаживая свою сплошь белую бороду. Хайям спросил: «Что питает справедливость истинных государей?» Он повернулся на запад, где уже садилось солнце, и сам же ответил; «Справедливость в человеке — это мера его связи с вечностью. Истинно справедлив тот государь, кто веру соединил с силой. Если же сила заменяет веру, а вера скрывает отсутствие силы — рано или поздно ждите беды».
Историки пишут, что Малик-шах заботился о строгом порядке и дисциплине в войсках и о справедливости в администрация, причем порой указывал Низаму аль-Мульку на то и другое. Хотя он и не был столь страстно предан лагерной жизни, как его отец, но все же был талантливым военным предводителем.
