Система внутреннего шпионажа, кроме того, представляла тот недостаток, что могла служить орудием и против монарха; если Махмуд приставил шпионов к своему сыну и наследнику Масуду, то и Масуд ухитрился внедрить соглядатаев в канцелярию отца. Однако, с другой стороны, должность сахиб-хабара являлась одним из устоев для феодального государства. И в этом смысле Низам аль-Мульк был прав. Уничтожение системы шпионажа (а более действенный контроль в тех условиях был невозможен) могло только увеличить произвол отдельных наместников.
Малик-шах был достаточно образован для своего сана, и в этом безусловно сказалось влияние великого визиря и надимов султана, подобранных Низам аль-Мульком. Повелитель страны не пренебрегал выслушивать разъяснения Омара Хайяма о небесных явлениях и достаточно толково разбирался в стихах. Конечно, государь не мог следить за сложным бюрократическим управлением своих обширных владений, и эта обязанность лежала исключительно на визире. В то же время при таких условиях слишком активное вмешательство государя и двора в ход управления могло особенно гибельно отозваться на делах. Низам аль-Мульк поэтому старался, чтобы письменные приказания государя посылались как можно реже: «Послания, которые пишут с государева двора, многочисленны, а все, что становится многочисленным, теряет свое значение. Надо, чтобы не писали ничего от высокого собрания, пока не наступит какое-нибудь важное обстоятельство. А если написали, то уже надо, чтобы содержание послания было таково, чтобы ни у кого не поселялось намерения что-нибудь не выполнить из приказа. Если окажется, что кто-либо поглядит пренебрежительно на приказ или замедлит в ревности к слушанию и повиновению, пусть назначат суровое наказание, даже будь он из близких».
Власть сельджукских правителей, основанная на идее самодержавности, теоретически считалась неограниченной. Тем не менее при решении важных государственных дел султан мог устроить совещание с высшими сановниками и вельможами.
Султан ведал не только гражданскими, но и военными делами государства, назначал и смещал полководцев. Все мероприятия, связанные с организацией и расходами на армию, утверждались «великим султаном». Султан являлся также верховным главнокомандующим и нередко сам возглавлял походы и военные кампании. В его распоряжении имелись личная гвардия, отряды телохранителей и гулямов.
Великие сельджукиды особое внимание уделяли тому, чтобы не допустить посягательств на свой престол со стороны своих же родственников. Начало этому положил Тогрул-бек, когда приказал задушить родного брата Ин-нала тетивой его собственного же лука, после того как подавил его мятеж. Алп-Арслан в 1065 году сражался с восставшим против него Кутулмушем, одним из двоюродных братьев Тогрул-бека, а через три года — против родного брата Кавурда, наместника Кирмана. Когда же после смерти Алп-Арслана султанский престол наследовал Малик-шах, Кавурд снова поднял знамя восстания, желая стать султаном. В начале 1074 года, после трехдневного сражения при Хамадане, в котором лично участвовал Малик-шах, Кавурд был разбит, взят в плен и в следующую ночь по совету Низама аль-Мулька (но вопреки султану) задушен.
