Сильный удар по программам НАСА нанесла гибель нескольких аппаратов, направленных в последние годы к Марсу и на Марс.
В 1993 г. за три дня до посадки утрачен КА "Марс обсервер". Наиболее вероятная причина — взрыв из-за перегрева неудачно спроектированного топливного бака.
В 1998 г. при подлёте к Марсу утрачен межпланетный космический аппарат "Марс Обсервер".
11 декабря 1998 года был запущен межпланетный космический аппарат "Марс Климат Орбитер". Он был предназначен для исследования поверхности, атмосферы и климата Марса с высоты 405 км и ретрансляции сигналов станции "Марс Полар Лендер", запущенной 3 января 1999 г. с конечной целью посадки на Марс. Стоимость этого аппарата составляла 125 млн.долл. В конце года аппарат погиб из-за халатности программистов, забывших при подготовке программы полёта перевести дюймы в миллиметры.
Межпланетная космическая станция "Марс Полар Лендер" стоимостью 165 миллионов долларов, запущенная в начале 1999 года, погибла при посадке, причём место её посадки, несмотря на длительные поиски её самой или её тормозного парашюта, обнаружить так и не удалось.
В августе 1999 г МО США утратило новейший секретный ИСЗ разведки стоимостью около 1 миллиарда долларов.
В ноябре 1999 г. из-за отказа 4 из 6 бортовых гироскопов потерял ориентацию и вышел из строя космический телескоп "Хаббл" стоимостью около 3 миллиардов долларов, ремонт которого вследствие его огромной стоимости стал первоочередной задачей НАСА.
В октябре 1999 г. в Москве состоялась встреча руководителей Российского авиационно-космического агентства и НАСА, на которой НАСА проинформировала российскую сторону, что запланированные на конец 1999 года 3 полёта МТКК "Спейс Шаттл" не состоятся по техническим причинам. Причиной задержек является низкое качество проводов, использованных в бортовой кабельной сети "Шаттлов".
Неблагополучно обстоят дела и с аппаратом Х-33, который должен послужить прототипом одноступенчатого корабля для обслуживания международной космической станции. Серьёзный инцидент произошёл с этим аппаратом при наземных испытаниях. На нём из-за низкого качества изготовления и последовавшего вследствие этого отслоения защитного покрытия произошёл взрыв топливного бака, что привело к значительному затягиванию сроков испытаний.
Главное контрольно-финансовое управление США в 1999 году провело ревизию программы Х-33 и признало ход выполнения этой программы неудовлетворительным, так как программа не соответствует первоначально утверждённой смете и не решает поставленных задач. Расходы на программу уже превышают 1,23 миллиарда долларов при плановой стоимости 941 миллион долларов (по данным на май 1999 г.).
