Эти замечания касались в основном комплектации навигационного комплекса «Сигма-701» и АКЦВС «Альфа-701» (или «Аль- фа-2»). Их устранение потребовало перекомпоновки ряда помещений корабля. Имелись разногласия и с проектировщиком самого комплекса – СКБ-385. В частности, В.П. Макеев настаивал на том, чтобы шахты были спроектированы на давление, создаваемое в них в процессе пуска ракет, в то время как ЦКБ-16 проектировало их исходя из предельной глубины погружения лодки. Только после проведения специальных пусков, доказавших требуемую прочность конструкции шахт, разногласия удалось устранить.
В соответствии с предложением заместителя Судостроительной промышленности Ю.Г. Деревянко для модернизации корабля пр. 658 у него полностью вырезали ракетный отсек и небольшие части прилегающих к нему третьего и пятого отсеков. Вместо них вваривался новый блок, состоявший из двух ракетных отсеков, а также увеличенными частями третьего и пятого отсеков. Длина лодки при этом увеличивалась на 42 м. В период с августа 1964 г. по ноябрь 1965 г. ЦКБ-16 поставило на ССЗ-402 (который должен был осуществлять модернизацию К-145) весь комплект рабочих чертежей с внесенными в них изменениями.
Однако проектирование и испытания комплекса Д-9 шли с хроническим отставанием от установленных сроков. Так, например, СКБ-385 долгое время не могло представить массогабаритные характеристики ракеты Р-29, что задержало проектирование и постройку специального погружающегося стенда ПС Д-9. Он также проектировался ЦКБ-16 (главный конструктор Я.Е. Евграфов), но строился на ССЗ-444 в Николаеве. Постройку корпуса и насыщение стенда удалось осуществить лишь в сентябре 1967 г., а не в августе 1966 г., как намечалось ранее. Первый пуск (с глубины 50 м) макета 4К-75 ракеты Р-29 произвели на Черном море вблизи Феодосии только 27 сентября 1967 г. Он оказался неудачным – из-за выхода из строя амортизаторов и преждевременной остановки двигателя макет не достиг расчетной высоты, упал и при ударе о воду взорвался. Всего до конца 1967 г. с ПСД-9 предполагалось произвести три пуска, но третий из них не состоялся из-за неисправности бортовых систем макета, и только в марте 1968 г. стендовые испытания были продолжены.
Интересной особенностью испытаний комплекса Д-9 являлось введение дополнительного этапа – проверки на пожаровзрывобезопасность (ПВБ) заклиненных в шахтах макетов ракеты Р-29. Как оказалось, в случае аварии двигательной установки разрушаются не только обе ступени ракеты, но и некоторые из конструкций пусковой установки и насыщения шахты. Одновременно деформировались надстройки погружающего стенда. Результаты этих испытаний потребовали частично изменить конструкцию шахты. В частности, были ослаблены зубцы кремальеры, запиравшей крышку шахты. Теперь в случае несанкционированного повышения давления в ней крышка открывалась, разрушая зубцы кремальеры. При открытой шахте пожар (или взрыв) находящейся в ней ракеты уже не представлял непосредственной угрозы для подводной лодки.
