Испытательные полеты Ту-98 (начало испытаний в 1 956 году), а затем и испытания «105» и первых Ту-22, подтвердили многие опасения, которые возникали на начальных этапах проектирования. Чисто академические споры в ЦАГИ на тему «треугольник» или «стрела» вылились в проблемы при освоении Ту-22. Потребовались серьезные доработки по крылу, по системе управления и т.д., прежде чем эти машины стали приемлемыми для летной эксплуатации в строевых частях ВВС.
К ноябрю 1954 года было подготовлено несколько вариантов аэродинамических компоновок нового самолета. В их основе лежали попытки использовать удачную отработанную схему Ту-16, с коррективами на сверхзвуковые режимы полета самолета «105». По предложению ОКБ и в соответствии с рекомендациям ЦАГИ, компоновка самолета была изменена: двигатели были перемещены в хвостовую часть фюзеляжа и установлены над ним. Основной причиной столь неординарного решения было желание получить сравнительно простые воздухозаборники и возможность более простого перехода к самолету «106» с более мощными и крупными двигателями. Сказались сложности с компоновкой и организацией нормальной работы двигателей на Ту-98 с длинными каналами воздухозаборников, и с проблемами по их входным устройствам.
Проблемы были не только на этапе проектирования Ту-98. Самое неприятное, что проблемы с обеспечением нормальной работы ТРД на всех режимах полета, в том числе и на сверхзвуковом, полностью проявились и на заводских испытаниях, став одной из причин того, почему этот первенец тяжелой сверхзвуковой авиации не удалось в первоначальном варианте довести до серии и до эксплуатации (в дальнейшем, после устранения всех «детских болезней» Ту-98 в переработанном варианте стал базой для серийного сверхзвукового барражирующего истребителя-перехватчика Ту-128).
Решение по силовой установке Ту-105, казалось бы такое простое и компромиссное, которое удовлетворяло всех: и ОКБ, и ЦАГИ, и МАП, и ВВС (можно простой модернизацией по двигателям в пределах отработанного и освоенного типа получить новую машину с такими скоростными характеристиками, которые не уступали бы американскому В-58), впоследствии подверглось жесточайшей критике на испытаниях и в эксплуатации. Многое, казавшееся очевидным и разумным, пришлось пересмотреть и от многого отказаться. Перехода на более мощные двигатели не произошло. Идея унификации «умерла», а проблемы с нормальной организацией работы ТРД во всем диапазоне режимов полета самолета остались. Возникло влияние изменения режимов работы ТРД на характеристики управляемости и устойчивости. И, когда ОКБ А.Н.Туполева в середине 60-х годов вышло с первыми проектами модернизации Ту-22 в новый многорежимный Ту-145 (Ту-22М) с сохранением верхней «простой» схемы размещения двигателей, ЦАГИ выступило категорически против. В результате, туполевцем пришлось пойти на переход к схеме размещения двигателей в хвостовой части фюзеляжа с применением длинных боковых воздухозаборников.
