Впрочем, торжества скоро кончились, и Скорцени снова приступил к своим обязанностям. А в октябре 1944 года он по поручению Гитлера организовал смещение венгерского диктатора Хорти, которого фюрер посчитал ненадежным союзником. Прибыв в Будапешт под именем доктора Вольфа, Скорцени 10 октября похитил коменданта Будапешта генерала Бакаи, 11 октября — командующего Дунайской флотилией флигель-адъютанта Харди, 15 октября — сына и преемника Хорти, Николауса, а 16 октября штурмом взял будапештскую Цитадель и арестовал самого диктатора. В результате власть в стране перешла в руки лидера венгерских фашистов из партии «Скрещенные стрелы» Салаши, после чего Венгрия продолжала войну с СССР до апреля 1945 года. Что же до Скорцени, то он за эту операцию получил Золотой рыцарский крест и звание оберштурмбаннфюрера.
Однако война неумолимо приближалась к концу, поражение Германии было неминуемо, и никакие усилия диверсантов Скорцени не могли его предотвратить. В мае 1945 года Скорцени, ставший начальником военного управления РСХА, находился в Альпах, где готовил последнюю линию обороны. Там, в деревушке около Радштадта, 15 мая 1945 года он был взят под стражу американскими военными властями. На третий день после ареста его поместили в следственный изолятор в Висбадене, где он некоторое время провел в одной камере со своим бывшим начальником, обергруппенфюрером Кальтенбруннером. О настроении, которое в тот момент испытывал Скорцени, можно судить по следующему отрывку из его воспоминаний:
«Мы прожили в одной комнате пять дней. Кальтенбруннер рассказал мне, что его следователь, бывший профессор американского университета, ведет допрос мягко и даже доброжелательно. Все это настраивало обергруппенфюрера на оптимистический лад — чувство, которое я никак не мог разделить».
Для такого пессимизма у Скорцени были все основания. Дело в том, что он принимал участие как в карательных операциях, так и в уничтожении евреев. Как уже говорилось, один из первых своих «подвигов» Скорцени совершил 9 ноября 1938 года во время «Хрустальной ночи». А в самом конце войны, 19 апреля 1945 года, Скорцени со своими людьми участвовал в карательной акции против чехословацких партизан в районе деревни Плоштина. Во время этой операции по приказу Скорцени были зверски убиты 27 крестьян, а сама деревня полностью сожжена. Кроме того, в декабре 1944 года во время немецкого контрнаступления в Арденнах диверсанты Скорцени действовали в тылу англо-американских войск с беспримерной жестокостью. Так, на второй день наступления подчиненный Скорцени штандартенфюрер СС Пайпер приказал расстрелять на развилке дорог юго-восточнее городка Мальмеди 71 безоружного американского военнопленного.
