В сентябре 1945 года Скорцени вместе с другими нацистскими преступниками перевели в нюрнбергскую тюрьму, в мае 1946 года — в фильтрационно-следственный лагерь в Оберурзеле, а в феврале 1947 года — в лагерь Дахау. Там его поместили в так называемый «Трибунал в бункере», где проводили процессы над лицами, совершившими военные преступления. К этому времени Скорцени знал, что его бывший начальник и покровитель, глава РСХА Кальтенбруннер, был казнен 16 октября 1946 года, а другой его непосредственный начальник, шеф VI управления РСХА бригадефюрер Шелленберг, сидел в тюрьме и с ужасом ожидал начала процесса в 4-м Нюрнбергском трибунале, где он должен был предстать в качестве одного из главных подсудимых.
Однако Скорцени надеялся, что американская разведка не даст его в обиду. Дело в том, что еще в 1944 году начальник Управления стратегических служб (УСС) США генерал-майор У. Донован хотел переманить Скорцени к себе. Для этого через американское посольство в Мадриде ему было сделано соответствующее предложение, причем в роли посредника выступал группенфюрер СС, профессор медицины Гебхарт. Тогда Скорцени отказался вести переговоры с Донованом, но сейчас ситуация коренным образом изменилась.
Скорцени не ошибся в своих ожиданиях. Уже в 1945 году сотрудник Донована полковник Дарст взял его под свою опеку. Именно он в мае 1946 года посоветовал ему лечь в госпиталь на небольшую и неопасную операцию. А в это время состоялся процесс по «делу о Мальмеди», в ходе которого 33 диверсанта Скорцени были приговорены к смертной казни, а 23 — к пожизненному заключению.
Суд над самим Скорцени и еще девятью обвиняемыми состоялся 18 августа 1947 года, причем адвокатом Скорцени был все тот же Дарст. Прокурор обвинил Скорцени в нарушении общепринятых законов ведения войны: использовании военной формы противника, убийстве американских и английских военнопленных, а также в их ограблении. Адвокат Скорцени, Дарст, внес предложение об оправдательном приговоре. Свидетелем защиты выступил офицер английской разведки Йоу-Томас, который, в частности, сказал: «Господа, оберштурмбаннфюрер Скорцени и его офицеры всегда воевали, как джентльмены». Постарался и американский генерал-майор Макклур, с пафосом заявивший: «Господа, я не первый год в строю и могу сказать вам только одно — я бы гордился, если бы эти парни служили в одном из подразделений, которым я командовал».
В результате Скорцени был оправдан. Через некоторое время западногерманский журнал «Квик» язвительно писал по этому поводу: «Процесс неожиданно закончился оправдательным приговором. Так и осталось неясным, был ли на нем представлен весь материал против Скорцени. Что же касается мнения широких кругов о приговоре, то его можно кратко выразить словами: «Мелюзгу вешают, крупным дают сбежать».
