Скромной до аскетизма была обстановка Иркутской семинарии, никаких излишеств. Классы, где проходили предметы, помещались в трех небольших комнатах, где жили, спали и ели воспитанники — бурсаки. Проще сказать, нищета светилась во всем — ив обстановке, и в питании. Но, несмотря на трудные условия, Иван Попов в семинарии отличался от других воспитанников особым усердием, более того, искренним интересом к наукам. От природы мальчик был наделен большим и светлым умом, который сочетался с пылким, поистине артистическим воображением. Смелость суждений и оригинальность взглядов уже тогда формировались в нем. Казалось бы, одинокий, оторванный от семьи, попав в незнакомый город, в стены суровой "бурсы", мальчик должен был бы испытывать душевные страдания. Но ничего подобного не случилось. Сильный волевой характер молодого Ивана Попова взял верх над хандрой как в те дни утомительных семинарских занятий, так и позднее, в годину суровых испытаний на Алеутских островах.
Большим событием в семинарии были экзамены, носившие тогда название "собраний". Как пишет Ив. Барсуков, на такие собрания являлось все начальство, приходили ученики всех классов — "фары, информатории, грамматики, синтаксиса, поэзии, риторики и богословия". Предметом испытания были как науки, так и поведение. Более всего взыскивалось за опоздание к праздничным богослужениям: даже в утренние часы, когда в церковь необходимо было являться к четырем часам по сорокаградусному морозу, никаких поблажек не делалось. За малую успеваемость иногда прощали в надежде на исправление, но за неблагочинное стояние в церкви — никогда. Бурсацкая жизнь скрашивалась нехитрыми развлечениями: "табачку понюхать" например (о "табакокурении" не было и помину).
Однако у юного Вениаминова были совершенно иные интересы: под влиянием своего дяди он пристрастился к механике. Работа на токарном станке ладилась у Ивана не хуже, чем работа с топором и рубанком. Любовь к слесарному и токарному искусству, а также навыки в плотничьем деле пригодились Вениаминову в его насыщенной событиями, долгой и нелегкой жизни.
Тогдашний иркутский епископ Михаил задумал устроить на соборной колокольне башенные часы. Для выполнения заказа был приглашен часовой мастер из ссыльнопоселенцев по имени Клим. К нему зачастил семинарист Иван Попов. Про это прослышал архиерей, и Иван был заподозрен в лености. В семинарии распространился слух, что-де этот лентяй убегает из церкви и уклоняется от учебных занятий. Но на первом же "собрании" Иван показал себя одним из самых талантливых и прилежных учеников. В итоге мастер Клим получил способного и старательного помощника, который своими руками выпилил аккуратные шестерни для городских часов.
