ЛКИ ракеты затянулись в силу ряда причин. В частности, потребовалась длительная доработка двигателя коллективом Валентина Глушко, который столкнулся с труднообъяснимым явлением высокочастотных колебаний в камере сгорания. Проблему удалось решить лишь со временем.
Первоначально серийное производство ракет предполагалось развернуть на Красноярском машиностроительном заводе. Позже серийное производство было развернуто на Куйбышевском заводе "Прогресс".
Во время испытаний ракеты Р-9А на полигоне Байконур произошла катастрофа.
"23 октября 1963 г. в шахте "В" произвели заправку учебной ракеты Р-9. В основном она прошла нормально. Однако было неосторожно пролито горючее – керосин. Загазованность шахты была примерно 32% кислорода при норме не более 21%. На следующий день в 11 ч местного времени расчеты стали спускаться в шахту "В" для работы. Они спустились на лифте на восьмой этаж. На отметке тридцать метров при входе в телеметрическую комнату заметили, что перегорела электролампочка. Лейтенант Щербаков стал ввертывать новую. Искра в электропатроне вызвала вспышку, и начался пожар. Щербаков, одежда которого была сильно пропитана кислородом, сгорел дотла; от него остались только каблуки сапог. Лейтенант Соннов и сержант Гудимов лежали на полу задохнувшиеся. В соседней комнате погиб представитель промышленности Иван Иванович Кулагин. Узнав о пожаре, начальник группы подполковник Николай Васильевич Жарков, не задумываясь о смертельной опасности и взяв с собой сержанта Соловьева и лифтера рядового Муртазина, захватив огнетушители, сел в лифт и стал спускаться на восьмой этаж для спасения людей. Немного ранее о пожаре узнал инженер-испытатель майор Первого научно-испытательного управления, который уехал с восьмого этажа, не доложив о случившемся Жаркову как начальнику объекта, и приказал дежурному электрику снять напряжение с лифта, в котором спускались Жарков, Соловьев и Муртазин. Лифт остановился между третьим и четвертым этажами, где они и погибли, сильно обгорев, из-за чего опознать их было чрезвычайно сложно. Капитан Николай Котов проводил работы на нулевой отметке шахты. Почувствовав запах гари и дыма, он по аварийному выходу, расположенному в коробе, где были проложены кабели, по лестнице-трапу добрался до оголовка шахты. Когда ему помогли подняться, он глотнул свежего воздуха и умер". (Байконур. Королев. Янгель/ Автор-составитель М.И.Кузнецкий. – Воронеж: ИПФ "Воронеж", 1997. С. 66-67).
