Все эти настроения не имеют значения, главная забота царя Ивана – объединить страну, отобрать у местных князей их судебную, административную и финансовую власть. Чтобы справиться с этой задачей, он ищет сторонников не среди неспокойной знати, а среди мелкого люда. Этих новых людей, выходцев из простого сословия, он ставит на ключевые посты в государстве. Мало-помалу они начинают плести настоящую сеть, центр которой в Москве, но которая окутывает все царство. Народ начинает понимать, что управляют им не ведущие роскошную жизнь бояре, а сам государь через своих представителей. Английский посол Флетчер пишет: «Инертный, молчаливый народ с любовью и ужасом взирал на отца этого большого русского семейства, этот живой закон, представителя Бога на земле, на преступления которого смотрели как на Божью кару, ниспосланную на его народ, и чью жестокость следовало вытерпеть, так как она порождала мучеников и отворяла небесные врата».
Озаботился Иван моральным обликом не только своего народа, но и слуг своей Церкви. Европу сотрясает Реформация, и под ее напором Иван задумывается о приумножении блеска православия. В 1547 и 1549 годах он созывает два собора. На них канонизированы тридцать девять знаменитых святых русской истории, пополнив список из двадцати девяти ранее причисленных к лику святых. Приободренное этим духовенство считает себя вне всякой критики. Но два года спустя, 23 февраля 1551 года, Иван созывает третий церковный собор. Священнослужителей во главе с митрополитом Макарием встречает в Кремле царь и боярская Дума в полном составе.
Их собрали под предлогом благословения нового свода законов. С этой формальностью быстро покончено, и, повернувшись к митрополиту, епископам, архимандритам и настоятелям, Иван напоминает им в весьма выспренних выражениях о несчастьях своего детства и бедах своей страны. Московский пожар сделал из него другого человека: «Тогда ужаснулась душа моя и кости во мне затрепетали; дух мой смирился, сердце умилилось. Теперь ненавижу зло и люблю добродетель. От вас требую ревностного наставления, пастыри Христовы, учители царей и вельмож, достойные святители Церкви! Не щадите меня в преступлениях; смело упрекайте мою слабость; гремите Словом Божиим, да жива будет душа моя!» Никто из присутствующих не смеет упрекнуть его ни в чем. Думая, что церемония закончена, священнослужители начинают уходить, но Иван удерживает их. И, к их глубокому изумлению, вручает им документ о реформах, при помощи которых намерен оздоровить деятельность Церкви. Вместе с протопопом Сильвестром и Адашевым он составил сборник из ста статей, который и одобрил этот собор, названный Стоглавым. В них разбираются вопросы монастырского землевладения, недостойного поведения монахов и священников, торговля святынями, ошибки правщиков при переписке священных книг. Многие упреки столь пламенны, что смущают собравшихся: «Есть монахи и попы, принимают духовный сан, чтобы вести веселую жизнь, и разгуливают по селам в свое удовольствие...» «Во всех монастырях настоятели и монахи предаются пьянству, и попы в обычных церквях напиваются до бесчувствия. Во имя Бога, здраво обдумайте сии происшествия...» «Почему не соблюдается запрет вдовым попам и дьяконам быть закрепленными за какой-либо церковью?..»
