1440-е годы стали новым кризисным периодом для османов. Возникла угроза для империи в Анатолии: восстал один из ее туркменских вассалов, бей Карамана, а тем временем на Западе готовился новый крестовый поход во главе с венграми. Мурад решил ослабить угрозу, заключив перемирие на десять лет, собираясь разобраться с непокорным беем. Однако прежде чем отправиться в дорогу, он предпринял необычный шаг — отказался от трона. Мурад опасался начала гражданской войны в государстве и хотел закрепить власть за Мехмедом прежде, чем умрет сам. Возможно, свою роль сыграла усталость от жизни. Бремя, связанное с его высоким положением, тяготило султана. Кроме того, Мурад был подавлен гибелью своего любимого сына Али. В возрасте двенадцати лет Мехмед короновался в Эдирне. За церемонией наблюдал заслуживающий доверия великий визирь Халил. В честь Мехмеда чеканилась монета. Он упоминался в еженедельных молитвах, как и полагалось в отношении султана.
Эксперимент обернулся катастрофой. Поддавшись соблазну воспользоваться теми возможностями, которые давало появление на престоле юнца, папа немедленно освободил венгерского короля Владислава от клятвы верности, и армия крестоносцев двинулась вперед. В сентябре она пересекла Дунай. Венецианский флот отправился в Дарданеллы, чтобы воспрепятствовать возвращению Мурада. В Эдирне заволновались. В 1444 году религиозный фанатик из секты шиитов появился в городе. Толпы стекались к персидскому миссионеру, обещавшему примирение между исламом и христианством, и Мехмед, привлеченный его проповедями, сам пригласил его во дворец. Религиозные власти были шокированы, а Халила встревожил энтузиазм, который вызывал еретик у народа. Проповедника попытались арестовать. Он искал убежища во дворце, но Мехмеду пришлось согласиться с увещеваниями и выдать его. В конце концов его выволокли на площадь, где обычно подавались прошения, и сожгли заживо, а его последователей перебили. Византийцы также решили извлечь свою выгоду из возникшего замешательства. Претендента на османский престол, принца Орхана, которого они держали наготове в городе, использовали, дабы разжечь мятеж. В европейских провинциях вспыхнули восстания против османов. В Эдирне началась паника. Большая часть города сгорела дотла, началось бегство турок-мусульман назад в Анатолию. Таким образом, правление Мехмеда началось с хаоса.
Тем временем Мурад заключил перемирие с беем Карамана и поспешил назад, решив устранить угрозу. Обнаружив Дарданеллы перекрытыми венецианскими кораблями, он переправился вместе со своей армией через Босфор с помощью их соперников-генуэзцев, щедро заплатив им по дукату за каждого человека, и двинулся вперед. Он встретил армию крестоносцев близ Варны у Черного моря 10 ноября 1444 года. Здесь османы одержали победу, полностью сокрушив врага. Голову Владислава водрузили на пику и отправили в старую османскую столицу Бурсу в качестве символа успеха и превосходства мусульман. То был важный момент в священной войне меж христианством и исламом. После трехсот пятидесяти лет крестовых походов поражение под Варной окончательно отбило у Запада охоту к ним: никогда более христиане не объединялись для изгнания мусульман из Европы. В результате турки закрепились на Балканах. Изоляция Константинополя в качестве анклава в мусульманском мире усилилась, а вероятность помощи от Запада в случае нападения османов снизилась. Еще хуже было то, что Мурад понимал — Византия во многом несет ответственность за хаос 1444 года, и это вскоре отразилось на формировании стратегии османов.
